В 1875 г. Космин придел был перенесён в Успенский собор. Согласно ведомостям о состоянии монастыря XIX в., надвратная церковь во имя святителя Николая Чудотворца, оформившая главный северный вход в Космин Яхренский монастырь со стороны села Небылого, была построена в 1690 г. Эта дата уточняется надписью на антиминсе, выданном патриархом Московским и всея Руси Адрианом, из которой следует, что строительные работы были завершены к осени 1690 г., т.к. антиминс «священствован» 14 октября 1690 г. (Российский государственный архив древних актов). В 1763 г. фиксируется монастырская церковь «на Святых вратех во имя святителя Николая Чудотворца, глава обита черепицею зелёною, на ней крест железной же, крыта тёсом» (Российский государственный архив древних актов). К 1768 г. храм обветшал, и в 1772 г. Коллегия экономии выделила деньги для начала строительных работ. В 1773 г. храм был разобран до основания, но из-за нехватки средств возведение новой церкви затянулось на восемь лет. К декабрю 1775 г. были выстроены новые святые ворота. С 1776 г. дополнительных средств на строительство не выделялось, кроме штатной суммы (200 руб.) на весь монастырь. В 1781 г. работа возобновилась с тем же подрядчиком «экономическим крестьянином» Гавриилом Ложкарёвым, и был возведён церковный свод с главой, крытой черепицей, и позолоченным крестом (Государственный архив Владимирской области). По описи 1802 г., под Никольским храмом находились хозяйственные службы монастыря – ледник с «погребницей», конюшня с сушилами, баня. После ремонта 1847–1848 гг. в храме установили трёхъярусный иконостас (нижний ярус с колоннами и позолоченной резьбой). В начале XX в. богослужение в храме не совершалось из-за аварийного состояния и «неудобств входа» (Государственный архив Владимирской области). Близ Космина Яхренского монастыря находился колодец преподобного Космы, упоминаемый ещё в монастырских описях XVII в. Так, в документе 1675 г. отмечалось: «Да под монастырем кладезь преподобного Козмы Яхринского чудотворца, под ним часовенка деревянная дубовая [с иконой преподобного Космы]» («Владимирские губернские ведомости», 1884 г.). Изображение часовни сохранилось на иконе конца XVII в. из собрания Владимиро-Суздальского музея-заповедника. Впоследствии часовня неоднократно перестраивалась. В ведомости о состоянии монастыря за 1916 г. указывается: «На восточной стороне, неподалеку от монастыря, колодезь, ископанный, по преданию, преподобным Космою, над которым устроена небольшая каменная часовня под железной крышей, куда бывает крестной ход в пятницу по Пасхе» (Государственный архив Владимирской области). Со второй половины XIX в. на территории монастыря работали училище и церковноприходская школа для крестьянских мальчиков села Небылого. Первым в 1863 г. по благословению епископа Владимирского Феофана Затворника (Говорова) открылось бесплатное училище в пустовавшем помещении под Никольской церковью. В начале 1870 гг. число учащихся увеличилось настолько, что не хватало помещений для занятий и материальных средств. Училище было закрыто, по благословению настоятеля братия продолжала обучать детей в зимнее время в своих кельях (Государственный архив Владимирской области). 2 февраля 1888 г. при содействии Братства святого Александра Невского в Космином Яхренском монастыре была открыта церковноприходская школа. Официально школа просуществовала до 1912 г., хотя в ведомости благочинного за 1915 г. упоминается некое монастырское учреждение «на 26 мальчиков» (Государственный архив Владимирской области).