У монастыря есть подворья и несколько приписных церквей в Юрьев-Польском районе. Храм в честь Казанской иконы Божьей Матери в местечке Лучки (приписан с 2005 г.) располагается в перестроенном здании бывшей больницы; в 2008 г. вокруг храма возведена ограда, был получен статус самостоятельного прихода. Петропавловский храм с приделами в честь Покрова Пресвятой Богородицы и во имя князя Димитрия Донского и княгини Евдокии в селе Большепетровском (приписан к монастырю в 2007 г.) реставрируется. Реставрируется храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделом архангела Михаила в селе Федосьине (приписан с 2007 г.). Храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами Рождества Христова и Модеста Иерусалимского в селе Большелучинском приписан к монастырю в 2007 г. 11 октября 2004 г. по благословению архиепископа Евлогия (Смирнова) Космину Яхренскому монастырю передан для восстановления Космодамианский храм с приделом в честь Казанской иконы Божьей Матери села Леднева (реставрируется). 10 октября 2013 г. по благословению митрополита Евлогия (Смирнова) начато восстановление храма во имя святых мучеников князей Бориса и Глеба с приделом преподобного Сергия Радонежского в селе Кубаеве. 29 января 2013 г. по благословению архиепископа Евлогия (Смирнова) монастырю для организации подворья передан Преображенский храм с приделами Николая Чудотворца и Казанской иконы Божьей Матери на погосте Спас-Железино при деревне Теренино Селивановского района. С 15 апреля того же года в храме совершается регулярное богослужение. В январе 2014 г. в связи с выделением Александровской епархии это подворье отошло Муромской епархии. В ведении Космина Яхренского монастыря находится часовня в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» на станции по разливу минеральной воды «Серебряный сокол» при урочище Рожново (близ деревни Зернево Суздальского района). 24 января 2008 г. часовню освятил архиепископ Евлогий (Смирнов). В сентябре 2014 г. к монастырю была приписана часовня в честь Боголюбской иконы Божьей Матери в селе Павловском Юрьев-Польского района. В 2001 г. за Косминым Яхренским монастырём для хозяйственной деятельности закреплено 25 га сенокоса, с 2002 г. – 27 га сенокоса, гектар пашни, десять соток огорода, скотный двор, пасека. Братия Космина Яхренского монастыря занимается благотворительной деятельностью, помогает нуждающимся местным жителям, детским садам сёл Небылого и Андреевского, детям из нуждающихся семей. С 2004 г. монастырь окормляет отделение сестринского ухода (дом престарелых) при Небыловской больнице. С 2011 г. обитель оказывает помощь отделению «Милосердие» в селе Небылом, обществу инвалидов Небыловского округа, сотрудничает с реабилитационным центром в городе Владимире, с филиалом московского Научно-практического центра наркологии, домом трудолюбия «Ной» (православный приют для бездомных Москвы). В 2006 г. Космин Яхренский монастырь организовал воскресную школу для жителей села, братия помогает вести курс «Основы православной культуры» в сельской школе. 1 сентября 2013 г. начала работу воскресная школа при монастыре. В начале 2012 г. открылась школа при Казанском приходе местечка Лучки. При монастыре и на всех подворьях работают библиотеки. С 2003 г. монастырь ведёт сбор материалов по истории обители в государственных архивах Владимирской, Ивановской областей, в центральных архивах Москвы и Санкт-Петербурга.