В писцовой книге 1644–1648 гг. нет сведений о монастырской колокольне. Исследователи не исключают, что колокола были установлены на соборном храме. Эта традиция, по мнению исследователей, сохранилась при возведении каменной Успенской церкви. В описи Космина Яхренского монастыря 1665 г. упомянута при Успенском соборе покрытая тёсом «колокольница каменная, а на колокольнице 6 колоколов да часы боевые старые без перечасья, ветхи». Более точно местоположение колокольни указано в описи 1763 г.: «При соборной церкви придельная колокольня, каменная, на которой глава обита черепицею зелёною, на ней крест железной прорезной. На оной колокольне 6 колоколов..., боевые железные часы» (Российский государственный архив древних актов). До ремонтных работ в 1863 г. была покрыта тёсом. В октябре 1909 г. Комиссия по сохранению древних памятников Императорского Археологического общества не дала разрешения повесить колокол (311 пудов) на колокольню, т.к. при выполнении работ мог быть нарушен вид памятника. Поэтому колокол находился рядом с колокольней на специально смонтированном для него подвесном устройстве. В период строительства каменного Успенского собора была разобрана деревянная шатровая церковь во имя великомученицы Параскевы Пятницы, о существовании которой исследователям известно только по писцовой книге 1644–1648 гг. и фрагментам описей монастыря 1619 и 1635 гг., упомянутых в одном из документов XVIII в. (Российский государственный исторический архив). Таким образом, храм, как и собор, по мнению исследователей, существовал в XVI в. или раньше. В соборной трапезной со второй половины XVII в. упоминается храмовая икона из упразднённой церкви «образ великомученицы Параскевы в житии, ветх» («Владимирские губернские ведомости», 1884 г.). Впервые сведения о трапезной церкви в честь Нерукотворного образа Спасителя (Спасской) приведены в описи Космина Яхренского монастыря 1635 г. В писцовой книге 1644–1648 гг. указывается «церковь Нерукотворного Образа деревяна, клецки», т.е., очевидно, храм был тёплым. К 1665 г. храм обветшал, при нём была колокольня с шестью колоколами, два разбитых колокола находились у ризницы. Одноимённая каменная церковь была построена во время игуменства Митрофана, около 1665 – 1671 гг. По описи церкви 1763 г., «тёплая, глава обита черепицею зелёной, на ней крест железный» (Российский государственный архив древних актов). Кроме неоднократных ремонтных работ в 1778 г. к храму была пристроена паперть с лестницей и «балдахином». В 1862 г. храм был покрыт железом, однако к 1863 г. существенно пострадал от сырости и нуждался в капитальном ремонте, который продолжался до начала 1870 гг. (Государственный архив Владимирской области, Отдел письменных источников Государственного исторического музея). В начале XX в. богослужения совершались только в Успенском соборе и Спасской церкви. В Спасском храме находились две придельные церкви: во имя святителя Митрофана, епископа Воронежского (освящена 15 октября 1833 г.), и во имя преподобного Космы Яхренского (освящена в 1865 г.). Согласно описи 1856 г., в Митрофаниевом приделе был одноярусный иконостас. В 1862 г. придел был перенесён из трапезной в южную часть храма, в 1868 г. установлен новый иконостас. Одновременно бывшая келья святителя Митрофана была отремонтирована, и в ней устроена часовня.