С конца XIII в. и по вторую половину XV в. земли, на которых был основан Космин Яхренский монастырь, находились в составе так называемой Митрополичьей области, возникшей на северо-востоке Руси в связи с решением в 1299 г. митрополита Киевского и всея Руси Максима из-за постоянных набегов татар перенести резиденцию из Киева в город Владимир-на-Клязьме. Вместе с ним город покинула его свита, состоявшая из духовенства и монашествующих киевских монастырей. По мнению исследователей, с этого периода во владение митрополита перешли вотчины упразднённой Владимиро-Суздальской кафедры во Владимирском и в Юрьевском уездах, располагавшиеся на плодородных землях Ополья. Этими обстоятельствами объясняется осведомлённость уроженца города Владимира, впоследствии инока Космы, в существовании Киево-Печерского монастыря, где был принят общежительный устав, и в том, как добраться до этой обители. Исследователи полагают, что в Печерской обители преподобный Косма принял постриг. Инок Косма был прославлен как местночтимый святой по благословению Суздальских архиереев, в частности, как полагают исследователи, неслучайно в синодике Космина Яхренского монастыря упомянуты князья суздальские, архиереи Суздальской епархии, а также настоятели Евфимиева суздальского монастыря («Владимирские губернские ведомости». 1884 г.). Летом 1445 г. в окрестностях Владимира воины казанского царевича Мамутяка (Махмуда) «многих избиша и изграбиша, а села пожгоша люди изсекоша, а иных в плен поведоша» («Полное собрание русских летописей», том 26). В июне 1445 г. в сражении под стенами Евфимиева суздальского монастыря было разгромлено войско великого князя Василия II Васильевича Тёмного, попавшего в плен к татарам. Очевидно, во время набега монастырь был разорён, и погибли его насельники, были уничтожены хранившиеся в нём книги и документы. Архив Космина Яхренского монастыря и другое имущество было разграблено в Смутное время (начало XVII в.). Из царской грамоты владимирскому воеводе исследователи сделали вывод, что с 1680 гг. монастырь становится домовым патриаршим, в XVIII в. – синодальным. В 1725–1726 гг. Космин Яхренский монастырь, разорённый в период секуляризационных реформ Петра I, был приписан к Волосову во имя святителя Николая Чудотворца монастырю. По штатам 1763–1764 гг., монастырь был отнесён к третьему классу. В январе 1653 г., во время богомольного «похода» во Владимир, Космин Яхренский монастырь посетил патриарх Московский и всея Руси Никон, «слушал обедню, а после обедни... пожаловал милостыни» (Российский государственный архив древних актов). Впечатления о посещении Космина Яхренского монастыря в 1836 г. оставил в автобиографических записках архиепископ Тверской и Кашинский Савва (Тихомиров). До второй половины XVII в. сохранились лишь случайные сведения о насельниках. В описаниях монастыря 1665–1675 гг. впервые даётся полный список братии: игумен, четыре чёрных священника, в том числе духовник, ризничий, десять старцев, в том числе казначей, конюший, сушильный, житный, пономарь, подкеларник, два «крылосных», а также шесть служек. С 1665 по 1675 гг. игуменом Космина Яхренского монастыря был будущий Воронежский епископ Митрофан.