Систематическая замена деревянной ограды каменной начинается с 1811 г. Возведение каменной ограды с четырьмя башнями завершилось к 1841 г., но уже в 1847–1848 гг. рухнула её восточная часть. С 1849 г. начался ремонт ограды; с южной стороны, чтобы предотвратить обрушение, были поставлены контрфорсы, покрыты тёсом и покрашены три башни (Государственный архив Владимирской области). С 1858 по 1863 гг. вместо разрушенной части ограды были установлены дубовые столбы, обшитые тёсом, но все четыре угловые башни обветшали (Отдел письменных источников Государственного исторического музея). К 1865 г. значительная часть ограды была восстановлена, северо-западная башня разобрана и возведена вновь, ограда покрыта железом и окрашена медянкой; в 1877 г. восстановлено сто саженей ограды с юго-восточной стороны. В 1885 г. в четырёх саженях от Никольской церкви возвели новые святые ворота и чёрные ворота позади братского корпуса, по обеим сторонам святых ворот восстановлена каменная ограда; в 1887 г. была отремонтирована северная башня и обновлена южная часть ограды, в 1916 г. – одна из разрушившихся башен (Государственный архив Владимирской области). Материальное положение Космина Яхренского монастыря до начала XVIII в. складывалось из доходов, получаемых с угодий, населённых земельных владений, от церковных треб, пожертвований прихожан и вкладчиков. С конца 1470 гг. монастырю было предоставлено право заниматься рыбной ловлей на Клязьме и Оке за оброк (часть улова). По мнению исследователей, эти права были утрачены в первой четверти XVIII в., в период секуляризационных реформ Петра I. Населённые земли появились у монастыря в XVI в. Наиболее ранний документ, в котором перечисляются сёла, деревни и пустоши, пожалованные Космину Яхренскому монастырю во Владимирском, Московском и Юрьевском уездах, – жалованная тарханная грамота царя Ивана IV Васильевича от 22 ноября 1578 г. Время и обстоятельства приобретения и утраты ряда перечисленных в грамоте вотчин исследователям неизвестны. Наиболее ранние данные о численности принадлежавших монастырю тяглых дворов относятся лишь ко второй половине XVII в. В 1651–1661 гг. у Космина Яхренского монастыря было 90 дворов, в 1678 г. и 1700 гг. – 178 дворов, 828 тяглецов мужского пола. В середине XVII в. размеры земельных владений во Владимирском и в Юрьевском уездах составляли «пашни 1531 четверть земли с осминой в поле, сенных покосов 1800 копен, леса вдоль и поперек на 11 верст с полуверстою». На этих землях находились два села, две деревни, 18 пустошей и селище, проживали 156 тяглецов мужского пола. Земельные владения в Московском уезде были утрачены: либо проданы, либо обменяны на более удобные земли рядом с монастырём. Космин Яхренский монастырь владел мельницей с двумя жерновами на реке Пекше близ деревни Литвиново Юрьевского уезда. Другая мельница находилась у села Лыкова Владимирского уезда. Во Владимире Космин Яхренский монастырь имел осадный двор со всеми службами. Другой осадный двор находился за рекой Лыбедь. В первой четверти XVIII в. братия получала жалованье из Монастырского приказа. После упразднения патриаршества управление землями перешло Синодальному дворцовому приказу.