В 1960–1970 гг., одновременно со стремительным вымиранием деревни, истинно-православное подполье теряло свой массовый характер, частично вливаясь в официальную Русскую православную церковь. К Перестройке катакомбное движение почти полностью лишилось старого духовенства тихоновской преемственности. Последними каноническими катакомбными епископами считаются Пётр (Ладыгин; ум. в 1957 г.), Варнава (Беляев; ум. в 1963 г.) и Димитрий (Локотко; ум. в 1970 гг.), после смерти которых не осталось в живых ни одного «катакомбного» архиерея, чьё преемство восходило бы к епископату указанных общин и не подлежало бы сомнению. В 1975 г. в архиерейский Синод РПЦЗ поступило письменное прошение 14 катакомбных священников из России и с Украины, которые сообщали, что они лишились епископского руководства после смерти одного из канонических катакомбных епископов. Эта группа, большая часть которой раньше находилась под омофором схиепископа Петра (Ладыгина), была официально принята в каноническое подчинение РПЦЗ в 1977 г., а непосредственным правящим архиереем этих катакомбных клириков стал председатель архиерейского Синода РПЦЗ Митрополит Филарет (Вознесенский). В начале 1990 гг. многие катакомбные общины окончательно вышли из подполья и официально обратились за окормлением к Русской православной церкви за границей, активно открывавшей в тот период свои приходы на территории бывшего СССР. Однако часть катакомбных общин по-прежнему не были связаны друг с другом и какими-либо зарегистрированными церквями, объединялись лишь вокруг своих наставников. Самое раннее документированное употребление слова «катакомбы» для описания российских реалий XX в. исследователи встречают в письмах игуменьи Афанасии (Громеко) к митрополиту Евлогию (Георгиевскому), написанных в 1923 г. из Петрограда. После того как монахини были изгнаны из своего храма обновленцами, община не распалась, а продолжала своё существование как «домашний» монастырь. В двух из четырёх сохранившихся писем игуменья Афанасия (Громеко) несколько раз употребляет выражения «мои катакомбы», «моя тайная катакомбная церковь». Из контекста исследователи видят, что так она обозначает свой домашний храм, противопоставляя свои «катакомбы» официально действующему храму обновленцев. Использование выражений «катакомбы», «катакомбная церковь» применительно к реалиям 1920–1930 гг. предполагало определённый образовательный и культурный уровень тех, кто употреблял эти понятия. Ведь люди, называвшие своё существование «катакомбным», сравнивали его с жизнью ранних христиан, которые во время гонений тайно собирались на свои богослужения в катакомбах – подземных кладбищах римских городов. Так преследования, обрушившиеся на церковь при советской власти, уподоблялись гонениям первых веков христианства. По мнению историка А.Л. Беглова, термин «катакомбы» и его производные были локальным петроградским (ленинградским) неологизмом, где было много активной церковной интеллигенции, которая могла оценить всё многообразие ассоциаций, связанных с этим словом. Исследователи находят примечательным, что саму игуменью Афанасию (Громеко) митрополит Евлогий характеризовал как «умнейшую, образованнейшую монахиню с литературными способностями». Между тем в 1920–1930 гг. термин «катакомбная церковь» не получил широкого распространения. Чаще употреблялись другие выражения.