В своём докладе немецким властям в 1941 г. он писал: «В России была вообще очень деятельная тайная религиозная жизнь – тайные священники и монахи, катакомбные церкви и богослужения, крещения, исповеди, причащения, браки, тайные богословские курсы, тайное хранение богослужебной утвари, икон, богослужебных книг, тайные сношения между общинами, епархиями и Патриаршим Управлением. Чтобы уничтожить также и катакомбную Патриархию понадобилось бы казнить и всех епископов, в том числе и тайных, которые были бы несомненно посвящены в случае нужды». Общим во взглядах радикальной части «истинно-православных» групп было стремление как можно меньше контактировать с советским обществом и государством. В связи с этим некоторые «истинно-православные» отказывались брать советские паспорта, официально устраиваться на работу, отдавать детей в школу, служить в армии, прикасаться к деньгам, разговаривать с официальными лицами («молчуны») и даже использовать общественный транспорт. Во время Великой Отечественной войны некоторые «истинно-православные» восприняли немецкую армию как освободителей. Во время войны часть наиболее непримиримо настроенных к Московской патриархии катакомбников сотрудничала с оккупационной администрацией. В результате оккупации части территории СССР немецкими войсками в 1941–1944 гг. возможность бежать на Запад получили многие священнослужители и миряне, пополнившие клир РПЦЗ. Произошла также активизация нелегальных общин и на неоккупированных территориях. В июньском 1943 г. спецсообщении начальника Управления НКГБ по Пензенской области говорилось о деятельности более 20 нелегальных и полулегальных групп, устраивавших моления на частных квартирах. В некоторых регионах таких групп насчитывалось сотни. В докладной записке председателя Совета по делам РПЦ Георгия Григорьевича Карпова Вячеславу Михайловичу Молотову от 5 октября 1944 г. подчёркивалось: «В областях с незначительным количеством действующих церквей и в районах, где нет церквей, отмечается массовое распространение групповых богослужений в домах верующих или под открытым небом…, причём в этих случаях для совершения обряда верующими приглашается не состоящее на регистрации духовенство… В своей значительной части актив таких церковных незарегистрированных групп и духовенство, в них состоящее, оппозиционно настроены по отношению к легальной патриаршей православной церкви, осуждая последнего за лояльное отношение к советской власти и за патриотические позиции в своей деятельности. Большое количество верующих-фанатиков, находясь под влиянием этих групп…, в своих настроениях резко отличаются от групп верующих, находящихся под влиянием патриотически настроенного духовенства легальной церкви. Это же положение влечёт за собой всякого рода «рецидивы» значительного оживления религиозных настроений в виде так называемого «обновления» икон, распространения «святых» писем…, а также агитации о гонении в СССР на религию и церковь…». Преследование тайных священнослужителей усилились с осени 1943 г. Советские власти наряду с радикальным улучшением отношения к Московской патриархии попытались произвести в 1943–1946 гг. разгром в «катакомбах», что им во многом удалось.