Вплоть до конца 1950 гг. в СССР число подпольных православных общин, как полагают исследователи, измерялось тысячами. Жестокие преследования «истинно-православных» продолжались с разной интенсивностью все годы Советской власти, прежде всего, в годы коллективизации, сталинизма, а затем – в начале 1960 гг. в связи с началом хрущёвской антирелигиозной кампании. В этот период, между 1957 и 1965 гг., около 4–6 тысяч православных священников были лишены регистрации. Многие из них продолжили служение в подполье, окормляя тех верующих, которые избегали посещения действующих церквей или не могли их посещать, поскольку все храмы в округе были закрыты. В конце 1960 гг. подобных незарегистрированных патриарших общин было выявлено в разных местах огромное количество, которое советскими экспертами оценивалось в несколько миллионов человек. Помимо борьбы с легальными общинами, велась борьба и с нелегальными, которая особенно усилилась после хрущёвского указа 1961 г. о борьбе с тунеядством. По нему были сосланы и посажены тысячи «истинно-православных», которые отказывадись официально устраиваться на работу (и, как правило, работавших по договорам). В «Инструкции по применению законодательства о культах», утверждённой постановлением Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов от 16 марта 1961 г. говорилось: «Не подлежат регистрации религиозные общества и группы верующих, принадлежащие к сектам, вероучение и характер деятельности которых носит антигосударственный и изуверский характер: иеговисты, пятидесятники, истинно-православные христиане, истинно-православная церковь, адвентисты-реформисты, мурашковцы и т.п.». В 1961–1962 гг. были арестованы почти все активные члены «катакомбных» общин. В ссылке некоторые «истинно-православные» продолжали отказываться от официального трудоустройства, что вело к суду и отправке в лагерь. Там отказ от работы, как правило, приводил к фактически бессрочному заключению в карцер – что приводило к гибели. К началу 1970 гг. большинство оставшихся в живых «истинно-православных» вышло на свободу (однако движение было обескровлено). Сохранились документальные данные и свидетельства о том, что некоторые священники катакомбной церкви, утратившие связь с епископами, с конца 1950 гг. начинали поминать в качестве своих предстоятелей первоиерархов РПЦЗ митрополитов Анастасия (Грибановского), а позже – Филарета (Вознесенского). Как отмечает историк Николай Сапелкин (род. в 1970 г.), катакомбные христиане во многих местах умирали без исповеди и причастия, похороны совершались без священнического отпевания, младенцы оставались без миропомазания, супружество без таинства венчания. Такое положение угрожало катакомбной церкви вырождением в сектанство, беспоповство и полным исчезновением. Некоторые катакомбные общины всё больше деградировали, в них практиковались заочные венчания, замена богослужебного суточного круга акафистами и т.п. С течением времени в этих группах за отсутствием священников их роль стали выполнять странствующие проповедники, пожилые женщины, «чернички». Они служили панихиды, крестили, венчали, а некоторые даже исповедовали и причащали. Таким образом, первоначально заявленная как консервативное движение, «катакомбная церковь» положила начало появлению так называемого нового русского сектантства.