В 1944 г. большинство выявленных «истинно-православных» на неокуппированной Европейской части СССР было депортировано или заключено в лагеря, в последующие два года происходило жёсткое преследование их на бывших оккупированных территориях. Лаврентий Павлович Берия 7 июля 1944 г. в своём секретном письме Иосифу Виссарионовичу Джугашвили (Сталину) отмечал, что на территории Воронежской, Орловской, Рязанской областей было выявлено несколько организаций «истинно-православных христиан», но арест активных участников не оказал должного воздействия на других членов, и поэтому целесообразно провести массовое выселение этих людей в Омскую, Новосибирскую области и Алтайский край, после чего 15 июля 1673 человека одновременно из 87 населённых пунктов насильственно переселили на восток. Появившиеся возможности легально совершать религиозные обряды, открывать храмы способствовали постепенному возвращению в окрепшую Московскую патриархию её паствы, которая вынужденно ушда в 1930 гг. в подполье. Перед нелёгким выбором оказались различные группы и течения «непоминающих» и «истинно-православных». Со смертью Патриаршего Местоблюстителя Петра (Полянского) и избранием патриарха Алексия (Симанского) отпадало прежнее каноническое основание для самостоятельного управления – «узурпация» первосвятительской власти митрополитом Сергием (Страгородским), но в то же время прежняя практика в отношениях с государством была продолжена новым Первоиерархом. В итоге в Патриаршую церковь вернулись не только часть иосифлян, но и большинство «непоминающих». Существенную роль здесь сыграла позиция имевшего значительный авторитет среди катакомбников Ковровского епископа Афанасия (Сахарова), который написал также окружное послание в катакомбные общины и скиты с призывом «вернуться в лоно» Патриаршей церкви. Во второй половине 1940 гг. численность катакомбников существенно уменьшилась. При этом там оставалось относительно небольшое количество тех, кто стал возносить молитвы за патриарха Алексия I, продолжая находиться на нелегальном положении. Уже 14 февраля 1947 г. Г.Г. Карпов в итоговом отчёте ЦК ВКП(б) за 1946 г. с удовлетворением писал, что внутренняя работа «способствовала сокращению роста церковного подполья в стране». Несмотря на это, проблема катакомбной церкви для властей во второй половине 1940 гг. продолжала оставаться достаточно острой. В справке отдела пропаганды и агитации Воронежского обкома ВКП(б) от 9 апреля 1948 г., составленной в ответ на специальный запрос соответствующего управления ЦК, сообщалось: «Наряду с официально действующими православными церквами в области существует большое количество нелегальных групп верующих православного толка, из которых наиболее распространённым течением являются «истинно-православные христиане»…, «ИПХ» исповедуют православную веру, но не признают ныне действующих церквей, как связанных с «безбожной Советской властью и коммунистами».