В раке обнаружили рукопись Евангелия от Иоанна карманного формата (так называемое Евангелие св. Кутберта, или Стонихерстское Евангелие, созданное в первой половине VIII в. в монастыре Вермут-Ярроу), которое до Реформации хранилось в Дареме (в 1769 г. рукопись перешла во владение иезуитов, с 1794 г. находилась в Стонихерст-колледже (графство Ланкашир), в 2012 г. приобретена Британской библиотекой; сохранился оригинальный переплёт кодекса из красной козлиной кожи – по мнению исследователей, древнейший книжный переплёт в первоначальном виде). Деревянную раку с мощами Кутберта поместили в мраморную гробницу за главным алтарём собора, где она находилась до Реформации. Чтобы облегчить доступ паломников к гробнице святого, с востока к алтарной части собора пристроили готическую Капеллу девяти алтарей (1242–1280 гг.). В 1372 г. на средства лорда Джона Невилла был сооружён мраморный пьедестал для раки. В начале XII в. даремские монахи построили церковь на месте «келии» Кутберта на острове Фарн, повторявшую формы даремского собора; в ней поместили символическую гробницу святого. В 1537 или 1539 г. в Дарем прибыли комиссары английского короля Генриха VIII Т. Ли, У. Хенли и У. Блитман, чтобы подготовить соборный капитул к секуляризации. Они разбили мраморную гробницу и вскрыли раку, намереваясь выбросить оттуда кости Кутберта, но обнаружив, что мощи были нетленными, не стали предпринимать решительных действий. Несколько лет деревянная рака с мощами находилась в ризнице собора, в начале 1542 г. её закопали на том же месте, где раньше находилась гробница. Среди английских католиков бытовало предание, что перед захоронением подлинные мощи подменили и спрятали в тайном месте (нашло отражение в поэме Вальтера Скотта «Мармион», 1808 г.). Зуб, якобы принадлежавший Кутберту, в XVII–XVIII вв. хранился в общине английских канонисс в Париже и был утрачен в годы Французской революции (1789–1799 гг.). Золотое кольцо с крупным сапфиром, якобы снятое с руки святого во время открытия мощей в XVI в., хранилось в Ашо-колледже близ Дарема (основан в 1808 г. как католическая семинария, с 1968 г. – в составе Даремского университета, закрыт в 2011 г.). Однако кольцо датируется XIII в. и, по мнению исследователей, не имеет отношения к мощам Кутберта. Споры о мощах Кутберта приобрели актуальность в первой трети XIX в. в связи с борьбой британских католиков против дискриминации (окончательно уравнены в правах с протестантами в 1829 г.). Антикварий Джеймс Рейн (1791–1858 гг.), библиотекарь англиканского собора в Дареме и приходский священник Мелдона, произвёл вскрытие могилы Кутберта (17 мая 1827 г.). По мнению исследователей, это было связано с освящением католической церкви во имя Кутберта в Дареме, запланированным на 31 мая 1827 г. Дж. Рейн стремился доказать, что подлинные останки святого покоились в англиканском соборе, и продемонстрировать, что их нетленность была выдумкой средневековых монахов. В деревянном ящике, изготовленном в 1542 г., Дж. Рейн и его помощники обнаружили остатки двух деревянных рак, вложенных одна в другую, завёрнутый в ткань хорошо сохранившийся скелет Кутберта, большое количество других костей (по преданию, в раке находились голова мученика Освальда, останки Беды Достопочтенного и другие мощи) и различные предметы. Фрагменты деревянных рак и другие предметы оставили для изучения и экспонирования, а мощи вновь захоронили. Вскрытие мощей Кутберта вызвало протесты католической общины Дарема.