В специальной резолюции по этому поводу отмечалось: «Избрание 3 хотя бы и кандидатов в архиепископа Коломенского может указать лиц вполне достойных, но не солидарных с установившимся в Московской епархии направлением епархиальной жизни, а это обстоятельство может внести разделение в строй нашей церковной жизни» (Российский государственный исторический архив). Ряд участников съезда выразили недовольство в связи с самоустранением епархиального съезда от участия в выборах управляющего Московской епархией, об этом говорилось на следующем епархиальном съезде в феврале 1918 г. 15 января 1918 г. Синод утвердил назначенного патриархом Дмитровского епископа Иоасафа (Каллистова), второго викария Московской епархии, архиепископом Коломенским и Можайским. Это определение Синода было закреплено решением Собора от 4 февраля 1918 г. (уже 4 января 1918 г. епископ Иоасаф (Каллистов) титуловался как управляющий Московской епархией – Российский государственный исторический архив). По решению Синода от 18 января 1918 г. патриарху непосредственно была подчинена Московская контора Синода «до времени преобразования на новых началах» (Российский государственный исторический архив). В соответствии с решениями поместного Собора с 14 марта 1918 г. во всех епархиях должны были пройти выборы епархиальных советов, состав которых подлежал утверждению патриархом и Синодом. В Москве формирование епархиального совета закончилось к началу июля 1918 г., его председателем стал профессор Московской духовной академии Василий Петрович Виноградов, рукоположённый в феврале 1922 г. во иерея. В июле 1918 г. наряду с общеепархиальным советом был образован епархиальный совет города Москвы, который возглавил протоиерей Виктор Иванович Кедров. Состав обоих советов был утверждён указом патриарха и Высшего Церковного Совета (ВЦС) от 10 июля 1918 г., состав советов менялся. На основе епархиального совета было образовано Московское епархиальное управление под руководством архиепископа Иоасафа (Каллистова), на содержание которого ВЦС 8 ноября 1918 г. выделил значительную сумму. Это стало своего рода компенсацией за отнятие у Московского епархиального совета Московского епархиального дома, который указом патриарха от 25 июня 1918 г. и решением ВЦС от 23 октября 1918 г. был передан для размещения канцелярии Патриаршего управления и учреждений ВЦС (Российский государственный исторический архив). Несмотря на гражданскую войну и начавшийся красный террор, Московская епархия развивалась. 23 января 1918 г. по инициативе архиепископа Иоасафа (Каллистова) Синод принял решение о передаче подмосковного монастыря великомученицы Екатерины эвакуированному из Гродненской епархии Красностокскому монастырю. В 1918 г. были открыты четыре новых прихода: в селе Васильеве Клинского уезда, в селе Кончинине Дмитровского уезда, в селе Наташине Московского уезда, при Пантелеимоновском храме, построенном при Рублёвской насосной станции Москворецкого водопровода в Московском уезде. В том же году, как сообщил архиепископ Иоасаф (Каллистов) в донесении патриарху от 30 апреля 1919 г., были закрыты священнические вакансии в трёх приходах в связи с их упразднением (Российский государственный исторический архив).