По сообщению Никоновской летописи 1520 гг. (при написании которой использовались материалы митрополичьего архива), в 1330 г. «пожалова Азбяк царь (хан Узбек) Сарайского владыку, даде ему вся по прошению его, и никто же его ничим же да не обидит» («Полное собрание русских летописей», том 10). В XIV в. резиденция епископа, по мнению исследователей, была перенесена в новую ханскую столицу – Сарай-Берке (ныне Царёвское городище Волгоградской области). Впрочем, епископ и русское духовенство могли перемещаться вместе с татарскими кочевьями (об этом свидетельствует один из вопросов епископа Феогноста – о возможности переносов «трапез» (церковных престолов) – «Памятники древнерусского канонического права»). Согласно Аркадию Павловичу Григорьеву, Сарайскому епископу Иоанну в 1347 г. выдала ярлык (проезжую грамоту) ханша Тайдула (в дошедшей редакции 1450 гг. ярлык выдан некоему «Иоанну митрополиту» в правление великого князя Симеона Ивановича). Данную трактовку исследователи встречают уже в литературе XIX в., но реконструкции А.П. Григорьева противоречит факт поставления Иоанна в Сарайского епископа, по свидетельству раннего московского летописания, только в 1356 г. («Полное собрание русских летописей», том 15, выпуск 1). К новооснованной епархии относились включённые в территорию Золотой Орды земли Южной Руси между Волгой и Днепром, пограничные с территорией Рязанской епископии. Епархия окормляла русских людей, живших в Южной Руси, а также русских, насильственно уведённых в Орду, и бывавших там же торговцев-греков. Кафедра играла важную миссионерскую роль, способствуя обращению в православие ордынцев, определённая часть которых в то же время приняла ислам; исследователи полагают, что Сарайский епископ присоединял к православию через миропомазание несториан и яковитов (об этом говорится в вопросах епископа Феогноста Константинопольскому Синоду – «Памятники древнерусского канонического права»). В конце XIII в. неопределённость границы между Сарайской и Рязанской епархиями привела к возникновению длительного спора, касающегося степной местности Червлёный Яр (по одноимённой реке, впадавшей в Дон; в XIV в. Червлёным Яром называли пространство между реками Дон, Воронеж, Хопёр и Великая Ворона (современная Ворона)). Спор был вынесен на суд первосвятителя Русской церкви и был дважды разрешён в пользу Рязанских архиереев: сначала митрополитом св. Максимом (1283–1305 гг.), затем митрополитом св. Петром (1308–1326 гг.). Зимой 1313/1314 гг. святитель Пётр лишил сана Сарайского епископа Исмаила и поставил на кафедру епископа Варсонофия (по мнению некоторых исследователей, он в 1316 г. был переведён на Тверскую кафедру), что могло произойти из-за спора о церковном подчинении населения Червлёного Яра. В последние годы святительства митрополита Петра Сарайский епископ Софония на Соборе в Костроме дал письменное обещание признавать эту местность рязанской. При митрополите св. Феогносте (1327/1328 – 1353 гг.) вопрос был первоначально решён в пользу Сарайского епископа Афанасия I неким игуменом, которому митрополит поручил произвести разбирательство. Однако впоследствии, по предоставлении Феогносту грамот прежних митрополитов, Червлёный Яр вновь отошёл Рязанской епархии (об этом сообщается в грамоте митрополита Феогноста баскакам, сотникам, духовенству и всем христианам Червлёного Яра, составленной между 1334 и 1343  гг.).