В 1959–1990 гг. в корпусах Кременецкого в честь Богоявления женского монастыря находилась поликлиника, в закрытом Богоявленском храме был обустроен городской спортзал, в Николаевском домовом храме – морг, затем склад. 50-метровый монастырский колодец с целебной водой был заполнен больничным мусором. Здания консистории и семинарии занимал Кременецкий краеведческий музей. Главная святыня Кременецкого в честь Богоявления монастыря, икона Божьей Матери «Скорбящая», хранилась в храме Похвалы Пресвятой Богородицы в Почаевской лавре. В 1959 г., когда по решению властей монастырское кладбище решили упразднить, останки митрополита Алексия (Громадского) были тайно перезахоронены на Всехсвятском кладбище за монастырской стеной. 26 августа 1990 г. по благословению архиепископа Тернопольского и Кременецкого Лазаря (Швеца) из Почаевской лавры в Кременец был совершён крестный ход во главе с наместником архимандритом Онуфрием (Березовским). 23 января 1991 г. в Кременецкий в честь Богоявления монастырь из Корецкого монастыря вернулись пять монахинь, в том числе сестра Херувима (Бенещук), которая епскопом Тернопольским и Кременецким Сергием (Генсицким) была возведена в сан игуменьи и поставлена настоятельницей (1991–1996 гг.) возрождённого монастыря. Первоначально сёстры жили в сырой и неотапливаемой «пономарке» при Богоявленском соборе, затем переселились в бывшие настоятельские покои монастырского корпуса. Заботами игуменьи Херувимы восстановлены ризница, библиотека, золотошвейная мастерская, отреставрирована колокольня. С 14 февраля 1996 г. на территории Кременецкого в честь Богоявления монастыря устроено новое монастырское кладбище. После смерти игуменьи Херувимы с 3 апреля 1996 г. настоятельницей Кременецкого в честь Богоявления женского монастыря стала монахиня (впоследствии игуменья) Марионилла (Панасюк). К 2015 г. в обители проживало около сорока насельниц. Комплекс исторических построек Кременецкого в честь Богоявления монастыря, входящий в состав Кременецкого историко-культурного заповедника, состоит из храма, келий и надвратной колокольни. Богоявленский собор построен в стиле позднего барокко – однонефный, с удлинённым прямоугольным в плане пресвитерием и нартексом. Неф перекрыт полуциркульным сводом с распалубками, сходящимися в шелыге, алтарная часть – крестовыми сводами. Кельи, примыкающие к южному фасаду храма, двухэтажные, прямоугольные в плане, с внутренним двориком. Колокольня трёхъярусная, нижний ярус с въездными воротами прямоугольный в плане, два верхних – четверики, уменьшающиеся в объёме. Отремонтированы главный корпус с Николаевским храмом, здание бывшей монастырской гостиницы, построены просфорня, пекарня, пошивочная, каменный корпус с трапезной и кухней и другие хозяйственные помещения. Группой спелеологов очищен монастырский колодец. 25 июля 2006 г. по благословению митрополита Киевского и всея Украины Владимира (Сабодана) состоялось вторичное обретение останков митрополита Алексия (Громадского) и перенесение их в Предтеченский храм при колокольне. Среди святынь Кременецкого в честь Богоявления монастыря – ковчег с частицами мощей святых, икона великомученика Пантелеимона с частицей мощей, икона великомученицы Варвары с частицей мощей, а также Кременецкая икона Божьей Матери «Скорбящая», перенесённая в 1990 г. в Богоявленский собор. 6 июня 2001 г. образ был похищен неизвестными лицами. В 2015 г. на его месте находится древняя копия, от которой зафиксированы исцеления.