В 1865 г. при храме был восстановлен православный Кременецкий в честь Богоявления монастырь, приписанный к Загаецкой обители (см. Иоанна Милостивого святителя Загаецкий мужской монастырь), настоятелями которого были ректоры местной семинарии. Таким образом, в 1865–1873 гг. обитель возглавлял архимандрит Рафаил (Троицкий). 13 апреля 1873 г. указом Синода Кременецкий в честь Богоявления монастырь был отчислен от Загаецкой обители и приписан к Дерманскому во имя Святой Троицы монастырю в Дубенском уезде, его настоятелями были викарные епископы Острожские. Тем же указом Острожскому епископу Иустину (Охотину) предписывалось проживать в Кременецком в честь Богоявления монастыре для наблюдения за располагавшейся в Кременце Волынской духовной семинарии. Он исполнял обязанности настоятеля до 23 апреля 1879 г. (переведён на самостоятельную Харьковскую кафедру). В 1880 г. викарием Волынской епархии епископом Острожским Виталием (Гречулевичем) при Кременецком в честь Богоявления монастыре в память о древнем Богоявленском братстве было учреждено Свято-Николаевское братство, духовно просвещавшее местных жителей. При непосредственном участии и надзоре преподавателей семинарии братчики проводили в соборном Николаевском храме и на приходах города внебогослужебные чтения и просветительские беседы, обучали паству всеобщему церковному пению (привлекался местный архиерейский хор), боролись с сектантством, занимались благотворительностью. В конце 1888 г. председатель братского совета преподаватель Волынской духовной семинарии иеромонах Владимир основал в Николаевском храме библиотеку и пожертвовал около 70 экз. книг духовного содержания из личной коллекции. По подписке библиотека получила «Троицкие листки». В 1890 г. в двухэтажном монастырском каменном доме Кременецкого в честь Богоявления монастыря разместилась братская церковноприходская школа. Настоятелями обители в конце ХIХ – начале ХХ вв. были епископы Острожские: в 1883 г. – Израиль (Никулицкий), в 1883–1890 гг. – Александр (Закке-Заккис), в 1890–1894 гг. – Антоний (Флоренсов), в 1894–1898 гг. – Мефодий (Никольский), в 1898–1902 гг. – Серафим (Мещеряков). После образования Кременецкого викариатства обитель возглавляли епископы Кременецкие, имевшие здесь резиденцию. Среди них были преосвященные Паисий (Виноградов; 1902 г.), Димитрий (Сперовский; 1903–1904 гг.), Амвросий (Гудко; 1904–1909 гг.), Никон (Бессонов; 1909–1913 гг.), открывший школу псаломщиков, и Дионисий (Валединский; 1913–1922 гг.; впоследствии митрополит Варшавский и всея Польши). К 1892 г. в обители проживали настоятель епископ Острожский, пять иеромонахов, иеродиакон, диакон, 25 послушников. Монастырю принадлежали 2 десятины 43 кв. сажён усадебной земли, 30 десятин – пахотной и 10 десятин леса под кустарниками. Кроме жалованья, отпускаемого ежегодно в количестве 560 руб. за заведование приходом, других средств Кременецкий в честь Богоявления монастырь не имел и пользовался содержанием от Дерманского монастыря. Подсобное хозяйство обители разместилось на хуторе Березина, расположенном на северо-западе от Кременца. Хозяйство состояло из двух «стодол» и сарая, а также каменного дома для монахов и архиерейской дачи.