В 1934 г. в связи с отказом митрополита Варшавского Дионисия от управления Волынской епархией Кременецкий в честь Богоявления монастырь находился в ведении самостоятельного архиерея Волынской епархии, которым с 1934 по 1939 гг. был архиепископ Алексий (Громадский), настоятель обители. При этом братию возглавляли наместники в сане архимандрита (в 1935 г. упоминается архимандрит Серафим (Васильев)). Случались конфликты между архиереем и братией. Так, на кухне у архиепископа Алексия (Громадского) работали сёстры Обычского женского монастыря, что вызвало протест у насельников обители. Осенью 1939 г., с началом Второй мировой войны и занятием территории Западной Украины советскими войсками, в Кременецком в честь Богоявления монастыре были закрыты Волынская духовная семинария, духовная консистория, типография и другие епархиальные заведения (некоторые были возобновлены в 1941 г.). У обители была отнята большая часть земель и половина строений (в частности, в зданиях семинарии разместились школа механизаторов и местная МТС). После 1940 г. Кременецкий в честь Богоявления монастырь вошёл в состав Ровенско-Кременецкой епархии РПЦ, сохраняя статус резиденции правящего архиерея. Значение монастыря возросло в 1941 г. с избранием архиепископа Алексия (Громадского) экзархом Украины с титулом митрополита Волынского и Житомирского. 7 мая 1943 г. он был убит и похоронен в Кременецком в честь Богоявления монастыре близ колокольни. В 1944 г., после освобождения Кременца от нацистов, город и район повторно вошли в состав Тернопольской области УССР; Кременецкий в честь Богоявления монастырь недолго принадлежал Волынской и Луцкой епархии, в 1946 г. оказался в составе Львовско-Тернопольской епархии. После окончания военных действий обитель, пребывавшая в бедственном экономическом состоянии, лишилась своего административно-епархиального статуса. В 1946 г. по согласованию с епархиальной и государственной властью часть книг из семинарии в Кременце была передана в библиотеку воссозданной Волынской духовной семинарии в Луцке, а в 1951 г. архив Волынско-Кременецкой духовной консистории вывезен в Кременецкий городской архив. К январю 1952 г. в Кременецком в честь Богоявления монастыре числилось 14 насельников, в том числе 12 монахов. Обители принадлежало 4,17 га земли, в том числе 3,47 га под огородом и 0,70 га под садом. Валовой доход хозяйства составлял 33 225 руб. С начала 1950 гг. в связи с усилением атеистической пропаганды в Тернопольской области велась кампания по закрытию православных обителей. После закрытия Обычского женского монастыря по решению Синода РПЦ от 27 января 1953 г. насельниц во главе с игуменьей Афанасией (Мороз) перевели в Кременецкий в честь Богоявления монастырь, а монастырскую братию по распоряжению епископа Львовского и Тернопольского Панкратия (Кашперука) перевели в Почаевскую в честь Успения Пресвятой Богородицы лавру.