С начала XVIII в. братчики вели постоянные судебные тяжбы за наследственные и имущественные права с местными дворянами. Так, 20 января 1701 г. Кременецкий в честь Богоявления монастырь упоминается в судебных тяжбах возного Волынского воеводства Станислава Лещинского, который вручил повестки для явки в суд дворянам Константину и Марцианне Минцовским, которые проживали в селе Миньковцы, и дворянам Гуляницким из села Фольварки с жалобой со стороны братства в лице игумена Гедеона (Щуркевича) о том, что они захватили имущество и волоку земли, записанные в пользу братства по завещанию его бывшими членами Григорием и Василием Гришниками. В 1725 г. Кременецкий в честь Богоявления монастырь перешёл в унию и был передан базилианскому Ордену. Началась капитальная переделка деревянных построек обители в каменные. Под влиянием иезуитского Ордена со 2 мая 1731 г. на землях Кременецкого в честь Богоявления монастыря строились здания коллегиума и величественного Свято-Духовского костёла, законченные около 1743 г. благодаря патронату князей Януша Антония и Михаила Сервация Вишневецких (пожертвовали 154 911 флоринов). Первый считался фундатором храма, а второй – коллегиума, на который были записаны сёла Окнины и Рудка Шляхетская. В 1773 г., после запрета папой Римским Климентом XIV деятельности иезуитов, коллегиум был закрыт, а в 1787 г. в его зданиях разместили поветовое училище и поселили причт бывшего иезуитского костёла, другие учреждения. После вхождения Волыни в состав Российской империи, невзирая на воссоединение в 1794–1796 гг. всех городских приходов с православной церковью, Кременецкий в честь Богоявления монастырь остался униатским. В октябре 1805 г. стараниями князя Адама Ежи Чарторыйского в зданиях бывшего коллегиума была открыта Высшая волынская гимназия. С целью расширения гимназии и преобразования её в лицей по согласованию с министром просвещения Петром Васильевичем Завадовским императорским указом от 13 июля 1807 г. здания Кременецкого в честь Богоявления монастыря были отданы под помещения Кременецкой гимназии. Базилиане были переведены в римско-католический реформатский монастырь (построен воеводой познанским графом Станиславом Потоцким в 1760 г. на Дубенском въезде в город), а община реформатов – в село Б. Дедеркалы Кременецкого уезда. Дирекция гимназии, получив здания коллегиума, уничтожила церковь и устроила в братских корпусах школу механиков. В 1819 г. гимназия была преобразована в лицей, который стал идеологическим центром Польского восстания на Волыни в 1831 г., за что был закрыт в 1833 г., а профессура переведена в Киевский университет святого Владимира. В 1836 г. в помещения бывшего лицея из местечка Аннополь Острожского уезда переехала православная Волынская духовная семинария, а в сохранившихся зданиях Кременецкого в честь Богоявления монастыря с 1838 до 1914 гг. действовало мужское Кременецкое духовное училище. В 1839 г., когда униаты окончательно воссоединились с РПЦ, базилианский Кременецкий в честь Богоявления монастырь был упразднён, а Богоявленский храм (около 1760 г.) стал приходским, по решению Синода богатая бблиотека (1607 экз.) передана семинарии.