Холодный Богоявленский собор зимой не отапливался и оставался закрытым, поэтому в 1841 г. в помещении бывшей трапезной главного монастырского корпуса оборудовали тёплую домовую церковь во имя Николая Чудотворца. До 1912 г. она редко использовалась, поскольку на том же этаже находился храм в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». В 1912 г. эти церкви перестроили в одну. Третий храм, во имя св. Иоанна Пророка, находился в бывшей монастырской ризнице, на втором этаже корпуса, непосредственно около собора. Четвёртый храм, во имя преподобного Иова Почаевского, был построен в 1910 г. на средства вдовы Марии Гипповской (Гнетовской) и её сына в память об умершем муже и отце священнике Иоанне, останки которого по распоряжению епископа Никона (Бессонова) перенесли с кладбища и похоронили в крипте. Церковь располагалась около колокольни при входе в обитель. В 1908 г., при епископе Амвросии (Гудко), было начато, а в 1914 г., при епископе Дионисии (Валединском), закончено строительство колокольни. Трудами епископа Антония (Флоренсова) были отремонтированы монастырские кельи, сооружена каменная ограда, со стороны города построены Богоявленские ворота с домом, в котором размещалась церковноприходская школа. К обители были приписаны четыре часовни, в том числе каменная при колокольне во имя апостолов Петра и Павла, построенная в 1911 г. в городе; деревянная Всехсвятская при колокольне, построенная в 1862 г. на городском кладбище, св. Анны (1910 г.) на ул. Широкой и деревянная Покровская (впоследствии храм), построенная в 1912–1915 гг. недалеко от обители, на территории дислокации 42-го Якутского полка. В 1906 г. Кременецкий в честь Богоявления монастырь был признан самостоятельным первоклассным. К 1914 г. в нём проживали 39 человек братии, а также ученики школы псаломщиков. Во время Первой мировой войны, следуя примеру настоятеля викарного епископа Кременецкого Дионисия (Валединского), братия осталась служить капелланами в размещённых на территории города русских войсках. Это позволило сохранить Кременецкий в честь Богоявления монастырь от разорения и занятия различными организациями. Единственной утратой стал уничтоженный храм Георгия Победоносца на хуторе Березина, вместе с архиерейским домом он был обстрелян артиллерией передовых австрийских отрядов в августе 1915 г. Развалины построек были разобраны, а частично спасённое имущество перенесено монахами в монастырь. Осенью 1918 г. по решению Правительства Украинской народной республики в Кременецкий в честь Богоявления монастырь была эвакуирована Холмская духовная семинария (в связи с нежеланием Правительства возрожденной Польши разместить учебное заведение в Холме).