Инокини придерживались Студийского устава, поэтому в Кременецком в честь Богоявления монастыре ежедневно в 6 часов была утреня, в 9 часов – литургия, в 18 часов – вечерня, а с 21 час – вечернее правило. В монастырском храме служили игумен Иерофей (Ермак) и иеромонах Иов (Ломакович). В 1953–1955 гг. настоятельницей Кременецкого в честь Богоявления женского монастыря была игуменья Зоя (Харкевич), в 1955–1959 гг. – игуменья Анимаиса (Малеева). С помощью перевезённого инвентаря сёстры устроили подсобное хозяйство, старательно обрабатывали каждый земельный участок. Строгий устав и молитвенная дисциплина привлекали в Кременецкий в честь Богоявления женский монастырь богомольцев. К 30 июня 1959 г. в Кременецком в честь Богоявления женском монастыре проживали 65 насельниц. 16 июня 1957 г. из Москвы в Кременец прибыл старший инспектор Совета по делам РПЦ Л.В. Алимов. В докладной записке председателю Совета по делам РПЦ при Совете Министров (СМ) СССР Георгию Григорьевичу Карпову он отметил, что сёстры Кременецкого в честь Богоявления женского монастыря имеют «неимоверное влияние» на местное население и составляют «реальную угрозу» воспитанию подрастающего поколения. Инспектор также констатировал приток молодых монахинь, в том числе бывших учительниц общеобразовательных учреждений (преимущественно из восточных областей УССР), и послушниц с высшим образованием. По результатам доклада Кременецкий в честь Богоявления женский монастырь решили закрыть. В соответствии с Постановлением СМ УССР от 17 января 1959 г. закрытие обители курировали уполномоченный по делам РПЦ при СМ УССР Григорий Павлович Пинчук и областной тернопольский уполномоченный Ульян Устимови Краглик. В планы властей входило закрытие и Почаевской обители. Но в начале июля 1959 г. форсированные мероприятия государственных органов вызвали массовые волнения верующих в Почаеве и Кременце, в окрестных колхозах, поэтому закрытие лавры отложили. Уполномоченный жаловался на пассивную позицию архиепископа Львовского и Тернопольского Палладия (Каминского) и нежелание закрывать монастыри, а также принимать непосредственное участие в переселении монахов, «поведение» епископа он считал «провокационным» (Государственный архив Тернопольской области). В 1958–1959 гг. в Кременецком в честь Богоявления женском монастыре были проведены мероприятия с участием лекторов-агитаторов и привлечением комсомольцев. Главе Кременецкого горсовета Сытникову предписали подготовить к 24 июля 1959 г. (предполагаемый день закрытия) 2 автобуса, 30 грузовых и 10 легковых машин. Но выселение сестёр в этот день не состоялось благодаря активному сопротивлению архиепископа Львовского и Тернопольского Палладия и сестёр. 29–30 июля 1959 г. 15 насельниц уехали домой, а 46 – в Корецкий монастырь Ровенской области, для переезда было задействовано 170 машин.