Первый монастырский храм во имя Николая Чудотворца был поставлен в начале XV в., как следует из грамоты новгородской боярыни Марфы (Отдел письменных источников Исторического музея). Из расходных книг строителя старца Кириака за 1551–1559 гг. исследователям известно, что в этот период была покрыта тёсом кровля церкви, построена паперть. 31 мая 1571 г. Никольская церковь была разрушена во время бури. Отмечалась необычная высота храма: 30 сажён. Новый храм, освящённый в ноябре 1576 г., строила артель из 20 плотников, собранных из разных мест Нижнего Подвинья и Беломорья; подрядчиками были церковные мастера братья Терентий и Пётр Васильевы. Архитектурно новая церковь в основных чертах, как полагают исследователи, повторяла разрушенную и представляла собой крытый лемехом шатровый храм на восьмерике. Брёвна для сруба доставляли по Двине от Емцы. Всего в Корельский монастырь было привезено 2600 брёвен и 60 «больших дерев» редкой, девятсаженной длины. В августе 1576 г. Иван IV Васильевич пожаловал в Никольский храм шесть оловянных блюд, потир, лжицу, «копейцу, и звезду, да атласу золотого три аршина, да покровцы на сосуды и воздух атласные шолковые черныя, да три аршина дороги, да пять аршин тафты, да четыре золотника шолку», в сентябре 1576 г. жертвователи передали братии 11 руб. 20 алтын 5 московок. К 1650 гг. Никольская церковь обветшала. Когда в конце XVII в. на новом месте был возведён каменный Никольский собор, деревянный храм был разобран. Тёплая церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы впервые упоминается в отписи монастыря от 1 октября 1551 г. строителю старцу Кириаку. В храме были «деисус на красках», семь икон «четырёх пядей», икона «Успение Пресвятой Богородицы» «на красках, венцы на золоте, пяти пядей», царские двери «на красках со святители». В 1551–1559 гг. кровлю храма покрыли тёсом. К середине XVII в. Успенская церковь обветшала, в 1664–1667 гг. на её месте построили одноимённый каменный храм. Согласно монастырской описи, составленной 6 июля 1601 г., в Корельском монастыре были деревянные Никольский храм, Успенская церковь с трапезой и келарской, колокольница, «часовая палатка», 11 келий, поваренная келья, келья «дьячея», хлебня, «швалня», сушильня, погреба, амбары, ледник с сушилом. Монастырь окружала деревянная ограда «взаплот» с двумя воротами, за которой находились поварня, квасная, гостиный, воловый и конюшенный дворы, овин, кузница, а на берегу – две кельи и сарай для лодок. В обители проживали игумен Парфений, бывший игумен Варлаам, 50 старцев, а также прислуживали 23 человека. В 1646 г. на восточных въездных воротах была построена деревянная церковь в честь Богоявления (впоследствии в честь Входа Господня в Иерусалим). В апреле 1646 г. монастырский казначей старец Митрофан «купил в церковь Богоявленскую сосуды служащие оловянные у попа Ярофея», а летом храм был освящён. «Верх у тое церкви палаткою на четыре ската, об одной главе». Изменение общего композиционного плана Корельского монастыря в результате строительства каменного комплекса в конце XVII в. привело к необходимости переноса св. ворот с надвратной Богоявленской церковью с восточной стороны обители на западную. С июля 1690 г. работы выполняла артель плотников Княжостровской волости Двинского уезда Филиппа Кулакова. Окончательный расчёт с плотниками был произведён 28 июня 1691 г. (Государственный архив Архангельской области).