Государственная власть создавала благоприятные условия для монастырской торговли солью и рыбой. Грамоту Ивана IV Васильевича об освобождении от уплаты проезжих пошлин монастырской соли и монастырского «запаса» подтверждали цари Фёдор Иванович, Борис Годунов, Лжедмитрий I. В феврале 1607 г. царь Василий Иванович Шуйский выдал грамоту «о пропуске монастырского дощаника с солью к Вологде» и «о пропуске монастырского насада с 4000 пудами соли беспошлинно». Но освобождения от налогов владения Корельского монастыря не получили; монастырю было предоставлено право самому собирать налоги и передавать в Москве, а не местным властям. В условиях начинавшейся Смуты Корельский монастырь получил право разыскивать и возвращать на свои земли беглых крестьян. Согласно грамоте 1607 г., монахи кормились только своим трудом – рыбной ловлей. 13 декабря 1613 г. польско-литовские отряды разорили Корельский монастырь и монастырские вотчины, сожгли кельи и конюшенный двор, 70 лошадей увели, 14 старцев и 11 мирян «посекли» (Российская национальная библиотека). Дополняет эти сведения грамота 29 апреля 1615 г. царя Михаила Фёдоровича: «...Монастырь и монастырские промыслы и вотчину воевали и разорили до основания, и казну монастырскую взяли, и хлеб конми стравили, и животину рогатую побили, а лошади монастырские все с собою поимали, и старцов, и слуг, и крестьян многих побили, а иных жгли и мучили, и в монастыре кельи, и за монастырем двор, и в вотчине тринатцать дворов крестьянских с животиною и со всем животом сожгли» (Акты археологической экспедиции, том 3). Вскоре обитель была восстановлена. Прежние права, предоставленные Корельскому монастырю, были определены после окончания Смуты грамотами царя Михаила Фёдоровича 1621 и 1623 гг. Монастырь должен был уплачивать в Москве в Нижегородскую четверть главные государственные налоги – «ямские деньги и стрелецкие хлебные запасы». В грамоте отмечалось, что Корельский монастырь отправляет судно в Вологду с 4 тыс. пудов соли и рыбу в Вологду, в Каргополь – 10 возов зимой и 10 возов летом. Возы и судно освобождались от уплаты пошлин, можно было беспошлинно закупать для Корельского монастыря «запас» на 600 руб. Грамота была подтверждена в 1680 и 1683 гг. царями Иваном и Петром Алексеевичами. По переписной книге 1678 г., за Корельским монастырём в Двинском уезде числилось 50 крестьянских (181 человек) и шесть монастырских дворов (Российский государственный архив древних актов), в 1685 г. в Двинском уезде обитель владела уже 78 крестьянскими, 8 бобыльскими и 9 монастырскими дворами (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В 1709 г., при архиепископе Холмогорском Рафаиле (Краснопольском) по благословению местоблюстителя патриаршего престола митрополита Рязанского и Муромского Стефана (Яворского) в Корельском монастыре была учреждена архимандрия «ради поможения его архиерейству в церковном священнослужении и ради почести святого места». 9 мая 1709 г. игумен Варсонофий был возведён в сан архимандрита. С первой половины XVII в. в Корельский монастырь ссылали различных людей «на покаяние». В 1653 г. по указу патриарха Московского и всея Руси Никона в монастыре содержались монах Соловецкого в честь Преображения Господня монастыря Герасим Фирсов и «безместный старец» Иона, а с 1670 гг., после Соловецкого восстания 1667–1676 гг., –12 мятежных старцев.