В 1725–1726 гг. здесь находился в заключении первый настоятель санкт-петербургской Александро-Невской в честь Святой Троицы лавры архиепископ Новгородский и Великолуцкий Феодосий (Яновский), сначала обвинённый в том, что «произносил слова непристойныя и укорительныя на высочайшую честь Его Императорскаго Величества и ея величества государыни императрицы», затем – «в великих церковных противных поступках» (Полное собрание законов Российской империи, том 7). Архиепископ был доставлен под конвоем в Корельский монастырь 21 июня 1725 г. и заточён «в одной из келий», как полагают исследователи, под Успенской церковью. С разрешения Тайной канцелярии архимандрит Порфирий назначил ему в духовники иеромонаха Иова, которому были даны соответствующие инструкции. Исповедавшись, архиепископ Феодосий причастился в церкви в епитрахили с поручами, сказав: «Чин архиерейский с меня не снят, а только я отрешён от епископии», и просил впредь не лишать его исповеди. 11 сентября 1725 г. архиепископу Холмогорскому Варнаве (Волатковскому) был отправлен указ Синода о снятии с «Федоса» архиерейского и иерейского сана (Полное собрание законов Российской империи, том 7) и о содержании его в монастырской тюрьме «до самой смерти, пищу ему давать хлеб да воду, и никуда его ни до церкви не допускать и к нему никого не допускать, разве единого духовника, да и то ежели крайняя к смерти позовёт». За исполнением этого наказания следил лейб-гвардии капитан-лейтенант граф Платон Иванович Мусин-Пушкин. В январе 1726 г. больного монаха Феодосия на руках перенесли в специально приготовленную тюремную келью, т.к. он уже не мог ходить. С 3 февраля узник не откликался на зов караульного и не принимал передаваемую через окно пищу. 5 февраля тюремную келью вскрыли: заключённый был мёртв. 12 марта его останки были привезены в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь, где и погребены. В 1727 г. в Корельский монастырь были сосланы насельник Мигулинского Троицкого монастыря бывший иеромонах Серапион, а также иеродиакон Макарий. В 1739 г. указом епископа Архангелогородского Саввы (Шпаковского) насельник Корельского монастыря иеромонах Серапион был переведён служить на новопостроенный в Архангельске корабль, а около 1741 г. иеромонахи Сильвестр (Барутович), Паисий (Веркольский) и Рафаил (Красногорский) – на военные суда Архангельска. При настоятеле (1763–1767 гг.) архимандрите Антонии (Волотовском) в Корельском монастыре был заключён митрополит Ростовский и Ярославский Арсений (Мацеевич), наиболее активно выступавший против секуляризационной реформы. 12 апреля 1763 г. митрополит Арсений (Мацеевич) был лишён Синодом архиерейского и иерейского сана, а 15 апреля императрица Екатерина II подписала указ о его ссылке в Корельский монастырь «под крепкое содержание». Повелевалось «настоятелю крепкое и неусыпное над ним иметь смотрение», чтоб он «ни под каким видом писмянно и словесно никого развращать, и о своём преступничестве инако разглашать и толковать, и тем слабых и простых людей в поколебание и соболезнование о себе приводить, отнюдь не мог, и для того пера, чернил и бумаги ему не давать, и… одного ундер-офицера и четырёх человек солдат, для всегдашняго караула к нему приставить…, а и в церковь для слушания Литургии и протчаго пения, такоже и по монастырю ходить, за караулом ему позволять». Для надзора за ним в Корельский монастырь был послан унтер-офицер Ф. Маврин.