Никольский собор был неотапливаемым, и узники, помещаемые в его подклеты в зимнее время, фактически были обречены на смерть. Среди заключённых Ягринлага были и священнослужители, в том числе протоиерей Василий Андреевич Мельников, осуждённый в 1951 г. на десять лет лагерей и освобождённый по амнистии в 1955 г., священник Леонид Алексеевич Неволин, находившийся в Каргопольлаге и Ягринлаге в 1937–1942 гг., священник П.Г. Помрязинский, которому высшую меру наказания заменили заключением в Ягринлаге, священник Андрей Иванович Прозоров (ум. 2 июня 1941 г.), переведённый в 1940 г. из рязанской тюрьмы. 24 января 1953 г. приказом МВД лагерь был закрыт, и на его базе организовано лагерное отделение в составе Управления исправительно-трудовых лагерей и колоний Управления МВД по Архангельской области. 4 декабря 1974 г. по инициативе руководителя Северодвинского отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры Лидии Ивановны Черняевой комплекс монастыря был признан памятником архитектуры государственного значения. 1 мая 1998 г., в день памяти святых Евфимия, Антония и Феликса Корельских, впервые с разрешения администрации «Севмашпредприятия» у стен Никольского храма епископ Архангельский и Холмогорский Тихон (Степанов) отслужил праздничный молебен. Святые Евфимий, Антоний и Феликс получили наименование «небесных покровителей града Северодвинска» и стали поминаться на отпустах. Впоследствии по согласованию между епархиальным управлением и администрацией «Севмашпредприятия» жители города участвовали в праздничных молебнах на территории бывшего монастыря. В 1998–2000 гг. молебен служили перед входом в Никольский собор, с 2003 г. – в центральном приделе собора. В другие дни монастырские храмы по-прежнему выполняли роль заводских помещений. В Никольском соборе располагался участок шиномонтажа, сварочный участок и склады, а также участок мойки тары, в Успенском храме – администрация одного из цехов, в бывшем братском корпусе – швейная, слесарная и другие мастерские. С 22 июля 2004 г. в Никольском соборе стали еженедельно служить молебны. 2 и 4 августа 2004 г. генеральным директором ФГУП «ПО «Севмаш»» были подписаны решения «об открытии для совершения богослужений Никольского собора» (молебны стали служить каждый четверг) и «о проведении восстановительных работ в Николо-Корельском монастыре», согласно которому все заводские службы предполагалось вывести из монастырских зданий. В галерее, примыкающей к северной стене Никольского собора, был устроен придел, освящённый иерейским чином 7 апреля 2005 г. во имя преподобного Евфимия и праведных Антония и Феликса Корельских. В тот же день впервые после 85-летнего перерыва была отслужена Божественная литургия. 1 мая 2009 г. в центральном приделе Никольского собора впервые после закрытия Корельского монастыря была отслужена литургия архиерейским чином (раньше несколько лет архиерейские богослужения совершались только в приделе святых Евфимия, Антония и Феликса). Возглавлял богослужение епископ Архангельский и Холмогорский Тихон (Степанов). 22 августа 2009 г. состоялось первое в истории монастыря патриаршее богослужение: Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) отслужил всенощное бдение накануне праздника Собора новомучеников и исповедников Соловецких. С 2011 г. настоятелем Никольского собора является митрополит Архангельский и Холмогорский Даниил (Доровских). В Никольском соборе регулярно совершаются богослужения: по субботам и накануне больших праздников – всенощное бдение, в воскресные и праздничные дни – Божественная литургия; по четвергам служатся молебны во время обеденного перерыва заводчан.