13 мая Арсений (Мацеевич) был доставлен в обитель, содержался в келье (4 кв. сажён) под Успенской церковью (в 1887 г. здесь устроили церковь в честь Боголюбской иконы Божьей Матери). В заключении митрополит Арсений (Мацеевич) пользовался большей свободой, чем дозволял указ. Как видно из документов возникшего через четыре года нового дела, настоятель архимандрит Антоний (Волотовский) и начальник караула подпрапорщик С. Алексеевский «Арсения содержали во всём в противности данного из Святейшего Синода указа… и разные важные непристойные разговоры от Арсения слыша не доносили… привечали его не как простого монаха; называли оба Арсения преосвященным, целовали у него руку». Когда в сентябре 1767 г. началось новое дело против митрополита Арсения (Мацеевича), насельники Корельского монастыря также привлекались к участию в нём: и как доносители, и как обвиняемые. Дело митрополита Арсения (Мацеевича) вёл архангельский губернский прокурор Василий Васильевич Нарышкин, который в ночь на 8 сентября прибыл с обыском в обитель. Были арестованы и доставлены в губернскую канцелярию митрополит Арсений (Мацеевич) и несколько насельников. Указом от 20 декабря 1767 г. Арсений (Мацеевич) был лишён монашеского чина и сослан в Ревель (ныне Таллинн); были наказаны и другие насельники. В 1741 г. в Корельском монастыре проживали архимандрит и 27 монашествующих, монастырь владел около 600 крестьянами. В 1764 г. в результате секуляризационной реформы Корельский монастырь был отнесён к третьему классу, в списке третьеклассных обителей числится под №79. Корельскому монастырю выделялось из казны в год 806 руб. 30 коп., в том числе на ремонт храмов и на ризницу 200 руб., на церковные нужды и на просфоры – 40 руб.; возглавлять монастырь должен был игумен, которому полагалось жалованье 150 руб., казначею – 22 руб., четверым иеромонахам и двум иеродиаконам – по 13 руб. каждому; всего же должен был быть 21 насельник, включая игумена (Полное собрание законов Российской империи, том 44, часть 2). В 1801–1804 гг. Корельский монастырь возглавлял игумен Феофил (Татарский; впоследствии ректор Архангельской духовной семинарии, с 1819 г. – епископ Оренбургский и Уфимский), в 1817–1821 гг. – игумен Анастасий (Ключарёв; с 1820 г. – архимандрит, с 1834 г. – епископ Старорусский, викарий Новгородской епархии), в феврале-марте 1821 г. – игумен Игнатий (Семёнов; с 1828 г. – епископ Старорусский, викарий Новгородской епархии). Указом Синода от 24 мая 1848 г. монастырь «для поддержания в нём порядка и хозяйства» был передан в управление Архангельским архиереям; обителью руководил наместник. К 1897 г. в Корельском монастыре проживали шесть иеромонахов, заштатный священник, три иеродиакона и 13 послушников. Ежегодное штатное жалованье Корельского монастыря составляло 669 руб. 9 коп.; помимо этой суммы в 1897 г. благотворители пожертвовали 4279 руб. 15 коп., а также 400 руб. билетами. Корельский монастырь владел сенокосным участком в 23 десятины 1264 кв. сажён удобной земли и 10 десятинами 1376 кв. сажён неудобной земли на острове Шатун, который братия сдавала в аренду за 186 руб. в год; сенокосным участком, именуемым «Звенье» (4 десятины 2019 кв. сажён), рядом с обителью, который братия также сдавала в аренду за 125 руб. в год; участком смешанного дровяного леса (150 десятин); участком земли (471 десятину 780 кв. сажён) в Кудьмозерской казённой даче; рыболовными тонями у берегов Белого моря, ежегодная арендная плата с которых составляла 125 руб. Обитель имела подворье в Архангельске. 13 февраля 1889 г. был основан Новоземельский во имя святителя Николая Чудотворца мужской скит на острове Новая Земля в становище «Малые Кармакулы». В скиту находились Никольский храм (освящён 18–19 сентября 1888 г.), церковная школа для детей самоедов. В 1922 г. скит был закрыт.