В 1545 г. игумен Ефрем получил право на неосвоенных землях («болота и лес дичь из стари») устроить соляные варницы, которые были освобождены от налогов на десять лет, а также право рубить лес на реках Сюзьме и Ижме. Об успехах в солеварении свидетельствует грамота царя Ивана IV Васильевича, выданная в декабре 1547 г. По ней Корельский монастырь был освобождён от уплаты пошлин на провоз 4 тыс. пудов соли в Вологду и на закупленный после продажи соли монастырский «запас». В 1551 г. состоялся пересмотр жалованных грамот, когда привилегии многих обителей были сокращены, но грамота 1547 г. подтверждена. В целом царская власть оказывала поддержку северной обители, существовавшей в непростых условиях. В XVI–XVII вв. Корельский монастырь получил около сотни царских грамот с разрешением беспошлинного ввоза и продажи соли. Монастырь имел собственные суда и подворья в Москве, Холмогорах, Вологде, Великом Устюге, Архангельске. Грамота от 17 мая 1551 г. свидетельствует о материальном состоянии Корельского монастыря, находившегося на далёкой окраине в неблагоприятных климатических условиях («в том манастыре полтретьятцать братов и со строителем, а пашенка деи у того манастыря невелика и прокормитися им не чем»), и о пожаре, случившемся около 1547 г. В отписи Корельскому монастырю от 1 октября 1551 г. строителю старцу Кириаку впервые упоминается помимо холодной Никольской церкви ещё и тёплая церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы. Исследователи полагают, что строитель Кириак, постриженик Корнилиева Комельского в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы монастыря, был назначен в Корельский монастырь для восстановления его после пожара. О положении монастыря в середине XVI в. свидетельствует сотная из писцовых книг 1552–1553 гг., в которой упомянуто о сильном запустении монастырских владений. По сотной выписи из писцовых книг от 2 марта 1554 г., во владениях Корельского монастыря насчитывалось 12 деревень, многие дворы были пустыми. В хозяйстве Корельского монастыря, как и других северных монастырей, важную роль играли промыслы, в частности, солеварение. В 1578 г. царь Иван IV Васильевич Грозный дал обители грамоту на соленые варницы в Нёноксе, Уне, Варзуге и Солзе, на рыбные ловли в реке Малокурье, во всех её притоках и в Кудьмозерской тоне. Во второй половине XVI в. владения Корельского монастыря увеличились за счёт вкладов и покупок. По сотной выписи 1587–1588 гг., во владениях монастыря насчитывалось двадцать деревень, в них 52 двора крестьянских и пять дворов бобыльских. Корельский монастырь прилагал усилия к расширению рыбных угодий. Обители принадлежали рыбные ловли и на реке Двине, и «по морскому берегу до Онежского рубежа». Монастырь принимал все меры, чтобы приобрести доли и во владениях варницами в таких центрах солеварения, как Уна и Нёнокса. Попытался устроить варницы «на Терской стороне на Варзуге реке». Расширение земельных владений создавало определённые проблемы. На новые приобретения действия жалованных грамот не распространялись, и их облагали пошлинами, взимавшимися с черносошных волостей. Эти трудности были устранены жалованной грамотой царя Ивана IV Васильевича 1578 г. Как было отмечено в сотной 1587–1588 гг., «без государева указу к монастырю чёрных деревень... и всяких угодий не принимати и в заклад не имати». К этому времени в монастыре проживало 52 старца.