На заседаниях коллоквиума присутствовали многие католические и протестантские немецкие князья с секретарями, помощниками и юристами; отказавшиеся по различным причинам от личного участия в коллоквиуме князья направили представительные делегации. Для участия в коллоквиуме были приглашены известные католические теологи и полемисты, в том числе И. Экк, И. Кохлеус, Фридрих Наузеа (около 1496–1552 гг.), Йоханнес Гроппер (1503–1559 гг.). Особое место среди католических теологов занимал убеждённый противник церковных реформ и неутомимый полемист с протестантами Иоганн Фабри (1478–1541 гг.), епископ Венский, который был доверенным советником короля Фердинанда и оказывал определяющее влияние на многие решения короля. Протестантскую сторону представляли теологи Мартин Буцер (1491–1551 гг.), Йоханнес Бренц (1498–1570 гг.), Урбан Регий (1490–1541 гг.), Фридрих Миконий (1491–1546 гг.), Андреас Озиандер (1498–1552 гг.) и др.; на заседаниях присутствовал также приглашённый М. Буцером Жан Кальвин (1509–1564 гг.), в этот период ещё только начинавший реформаторскую деятельность и не имевший значительного авторитета среди протестантов. Ф. Меланхтон, также приглашённый на коллоквиум, не смог приехать в Хагенау из-за болезни. После официального открытия заседаний коллоквиума участники приступили к обсуждению процедурных вопросов. Это обсуждение выявило наличие между сторонами непримиримых разногласий, безуспешные попытки преодоления которых продолжались вплоть до официального объявления перерыва в работе коллоквиума 28 июля 1540 г.; таким образом, в Хагенау не удалось перейти к обсуждению собственно богословских проблем. Основные разногласия состояли в следующем: 1) католики предлагали использовать в качестве основы для дискуссии формулировки, согласованные во время коллоквиума в Аугсбурге в 1530 г.; протестанты считали, что обсуждать нужно не эти положения, а непосредственно Аугсбургское исповедание; 2) протестанты настаивали на том, чтобы единственным критерием истинности вероучения было заранее признано Священное Писание, и отказывались согласиться с принятием в качестве авторитетных источников мнений отцов церкви, постановлений церковных Соборов и норм канонического права католической церкви; 3) протестанты не соглашались принять в качестве процедурной нормы заявление о том, что результаты коллоквиума получат законную силу лишь после их утверждения императором и папой Римским. 15 августа 1540 г. император Карл V, недовольный отсутствием положительных результатов работы коллоквиума, в письме его участникам объявил о том, что заседания коллоквиума должны продолжиться после перерыва 28 октября 1540 г. в Вормсе. Император согласился, чтобы предметом обсуждения было Аугсбургское исповедание и составленная Ф. Меланхтоном апология Аугсбургского исповедания (1531 г.). С целью более эффективной организации работы коллоквиума император Карл V принял решение назначить специального представителя, ответственного за решение всех процедурных вопросов, которым стал один из его наиболее приближённых советников – немецкий государственный деятель и дипломат Николя Перено де Гранвель (1486–1550 гг.).