Помимо новаторских трактовок ряда институтов гуманисты обращали особое внимание на систему организации и расположения материала, которая наделяла элементы собрания новым значением. В поиске адекватной систематизации Юнг Доно (1527–1591 гг.) в работе «Commentarii iuris civilis» (1595–1597 гг.) подвергает критике порядок «Дигест» и «Кодекса Юстиниана» и отдаёт предпочтение системе «Институций» (лица – вещи – иски). Если во Франции эта систематика сначала не получила поддержки (век спустя Ж. Дома предложит свою оригинальную систему, которая останется невостребованной), то немецкие авторы в течение всего XVII в. и ещё в XVIII в. предпочитали систему «Институций». В действительности уже эти авторы обогащали институционную систему, предпосылая изложению права лиц общие положения. Выделение общей части – единое требование времени. Логика юридического знания в эпоху Просвещения требовала научной организации материала, подчинения всей системы права началам разума (imperio rationis), последовательного выведения всех норм права из единого принципа свободы воли. Право представало объективным и умопостигаемым порядком, организующим всё человеческое общество. Эта работа была выполнена Самуэлем фон Пуфендорфом (1632–1694 гг.): исходя из автономии личности, он выстраивает все разделы права в единую систему, начиная с частного имущественного права, за которым следует семейное и наследственное, затем публичное и, наконец, международное. В этой системе все общественные институты, получившие правовое значение, выступают как явления, подчинённые единому началу – свободе индивида. Семья, государство, международное сообщество представлены как более широкие сферы реализации этой свободы. Вся система общественных форм предстаёт продуктом естественного разума. Под влиянием рационализма XVIII в. система «Институций» преобразуется: право лиц включает в себя семейное право, за институтами вещного права следует раздел о способах приобретения прав на вещи (новый смысл понятия «actiones» – иски), к которым причисляются и наследственное право, и обязательства. Этому порядку изложения материала следуют «Кодекс Наполеона» (1804 г.) и Австрийский гражданский кодекс (1811 г.). В XIX в. в Германии система «Институций» развивается в так называемую пандектную систему (название зависит от понятия «usus modernus Pandectarum»): выделяется общая часть, включающая общие положения, право лиц, объекты права и общие положения о сделках и юридических действиях, затем следуют обязательственное, вещное, семейное, наследственное право. Впервые эта система введена Густавом фон Гуго (1764–1844 гг.) в первом издании сочинения «Институции современного римского права» («Institutionen des heutigen römischen Rechts», 1789 г.); однако в дальнейшем он от неё отказался. Обоснование пандектной системы дал Георг Арнольд Хайзе (1778–1851 гг.) в работе «Очерк системы общего гражданского права: подготовительный материал для лекций о Пандектах» («Grundriß eines Systems des gemeinen Civilrechts zum Beruf von Pandecten-Vorlesungen», 1807 г.). От него эта система была воспринята самым авторитетным специалистом по гражданскому праву этой эпохи Фридрихом Карлом фон Савиньи; в сочинении «Система действующего римского права» («System des heutiges römischen Rechts», 1827–1844 гг.) он утвердил современную композицию системы гражданского права, на которой основаны последующие кодификации наднационального значения: Германское гражданское уложение (1900 г.), Гражданский кодекс Нидерландов (приобрёл современное состояние в 1992 г.), Гражданский кодекс Российской Федерации (1995–2008 гг.).