В «Кодексе Феодосия» получили преобладание не императорские эдикты или сенатусконсульты, а императорские письма наместникам провинций (leges edictales) и послания сенату. В «Кодекс Феодосия» вошли также некоторые рескрипты и фрагменты протоколов судебных заседаний, возглавлявшихся императором. Ряд важных императорских постановлений («всеобщих законов»), о существовании которых исследователям известно из «Кодекса Феодосия» и из других источников, в «Кодекс Феодосия» не вошел. Так, приведён лишь небольшой фрагмент обширного эдикта Константина «De accusationibus» («Об обвинениях»); не были включены известные исследователям по эпиграфическим источникам постановления императоров Валентиниана и Валента об управлении городским имуществом и о созыве провинциальных собраний. Не была включена императорская конституция о епископском суде, известная исследователям по «Сирмондиевым конституциям». Исследователи отмечают, что в «Кодексе Феодосия» есть ссылки на императорские постановления, которые в тексте не приведены. Причинами подобных лакун, по мнению исследователей, могут быть плохая сохранность некоторых книг «Кодекса Феодосия», неполнота использовавшихся при его составлении архивов, спешка или небрежность составителей. По вопросу использования составителями «Кодекса Феодосия» архивов в науке существуют две точки зрения. Согласно одной из них, выдвинутой О. Зеком (в настоящее время этой концепции придерживается, например, Дж. Мэтьюс), использовался не только архив императорской канцелярии в Константинополе, но и западный императорский архив в Равенне, а также провинциальные архивы документов, прежде всего, архивы канцелярий наместников провинций. В том случае, когда в подписи к фрагменту императорской конституции, который приводится в «Кодексе Феодосия», указывается место получения постановления (accepta…) или его публикации (proposita…), речь идёт, по мнению О. Зека, об экземпляре, обнаруженном составителями в провинциальном архиве. Следовательно, если в подписи указывается только место принятия постановления (data…), можно сделать вывод, что оно находилось в центральном архиве. В некоторых случаях составители могли размещать в «Кодексе Феодосия» фрагменты одной и той же конституции, обнаруженные в разных архивах. Представитель другой  точки  зрения (Б. Сиркс), напротив, полагает, что составители пользовались лишь центральными архивами. В императорской канцелярии регистрировались и копировались все императорские послания, высылаемые провинциальным чиновникам с указанием имени получателя, поэтому составители «Кодекса Феодосия» пользовались (за редкими исключениями) архивами императорских канцелярий Константинополя, Рима и Равенны, для того чтобы найти соответствующие императорские послания, обладавшие признаками «всеобщих законов». Составители могли также пользоваться и архивами префектов претория в Константинополе и Риме. Кроме того, наместники провинций обязаны были вести протоколы (acta) собственной деятельности, в которых регистрировались и копировались все полученные и отправленные официальные письма.