Согласно предположению А.В. Сиренова, записи могли быть выполнены непосредственно митрополитом Ермогеном. Об интересе к «Книге степенной» в этот период свидетельствует создание нескольких новых редакций. Так, около 1589 г. Ионой (Думиным) была написана особая редакция «Книги степенной» – Думинская (древнейший список – Российский государственный архив древних актов, 1594 г.). К рубежу XVI и XVII вв. исследователи относят составление Пространной редакции «Книги степенной» (её древнейший список относится к рубежу XVI и XVII вв. – Российская государственная библиотека). После Смутного времени и утверждения новой династии потребовалось переосмысление исторического материала, которое могло бы дать дополнительные аргументы в пользу связи Романовых с потомками св. князя Московского Даниила Александровича. В XVII в. было создано специальное ведомство – Записной приказ (1657–1659 гг.), которому было поручено «записывати степени и грани царственные» начиная с Фёдора Ивановича по время правления Алексея Михайловича. К 1682 г. относится упоминание «Палаты строения Степенной книги», которой, по мнению исследователей, также было поручено продолжение «Книги степенной». Около 1678 г. игумен Макариева Желтоводского во имя Святой Троицы монастыря Тихон составил новую редакцию «Книги степенной» – Латухинскую (древнейший список (около 1678–1679 гг.) – Нижегородская областная библиотека), которая активно перерабатывалась в XVIII в. В 1716–1718 гг. подьячий И.Ю. Юрьев по прямому указанию Петра I создал новую редакцию памятника – Юрьевскую. Переработчики «Книги степенной» стремились довести содержание памятника до современных им событий, делая порой обширные вставки из поздних документов. «Книга степенная» использовалась при создании крупнейших памятников книжности XVI–XVII вв.: Лицевого свода (1570 гг.; в работе над ним могли принимать участие книжники, ранее работавшие над «Книги степенной»), «Нового летописца» (1630 гг.), «Истории о царях и великих князьях земли Русской» Фёдора Акимовича Грибоедова (1669 г.), «Скифской истории» Андрея Ивановича Лызлова (1692 г.), «Летописца славяно-российского» (1698 г.). Значительное влияние «Книга степенная» оказала на историков XVIII – первой четверти XIX вв. (В.Н. Татищева, М.М. Щербатова и Николая Михайловича Карамзина): она не только служила одним из важнейших источников сведений по русской истории, но и во многом определяла композицию их работ, влияла на оценку событий прошлого. Так, в своих обобщающих трудах по истории России русские историки Нового времени вслед за составителем «Книги степенной» материал о прошлом группировали по периодам правления государей, заимствовали ряд исторических идей «Книги степенной» (например, о преемстве Москвы Владимиру-на-Клязьме и Киеву), а монархию представляли в виде «палладиума» русской истории (Н.М. Карамзин).