В тексте «Книги степенной» помещены и краткие пересказы содержания её источников (например, Житий преподобного Сергия Радонежского и святителя Стефана Пермского) или ссылки на памятники, известные её составителю (например, на Житие преподобного Кирилла Белозерского). При написании «Книги степенной» был использован ряд летописных памятников: Воскресенская, Никоновская (согласно Борису Михайловичу Клоссу, Патриарший список), Софийская первая (младшего извода) и Новгородская четвёртая летописи, Летописец начала царства, а также, как полагают исследователи, «Русский Хронограф» редакции 1512 г. Согласно предположению А.С. Усачёва, книжник также мог использовать летопись, близкую к «Летописцу от 72 язык», и продолжение Летописца начала царства (изъятые, как полагают исследователи, у Алексея Фёдоровича Адашева «списки чёрные», в XVI в. хранившиеся в Царском архиве). Кроме того, источниками «Книги степенной» служили: памятники церковного права (Устав Владимира синодальной редакции, «Правило о церковных людях»), лексикографический источник (как полагают исследователи, «Азбуковник» старшей редакции, см. Азбуковники), внелетописная статья «А се князи русьтии», «Просветитель» Иосифа Волоцкого, славяно-русский перевод «Окружного послания» Константинопольского патриарха Фотия I, «Слово о погибели Русской земли», Сказание о Владимирской иконе Божьей Матери, Повесть на сретенье Владимирской иконы и ряд других памятников. У исследователей есть основания полагать, что при написании «Книги степенной» могли использоваться и не дошедшие до настоящего времени произведения (например, особое Сказание о св. князе Данииле Московском и Похвала великому князю Ивану I Даниловичу Калите особой редакции), а также устные рассказы очевидцев событий (например, о взятии Казани и Полоцка). В тексте «Книги степенной» фиксируется также ряд так называемых уникальных известий, происхождение которых исследователям неясно. Часть из них, как полагают исследователи, могла быть почерпнута из неизвестных источников, другие могли быть результатом ошибок в воспроизведении источников или быть домыслами составителя «Книги степенной». При включении в «Книгу степенную» фрагменты её источников редактировались: в ряде случаев они сокращались, иногда распространялись за счёт дополнений литературного характера; в житийный материал, как правило, включались летописные сообщения; нередко в заимствованные из источников отрывки вносилась стилистическая правка, направленная на унификацию текста в соответствии с литературными вкусами макарьевской эпохи. В некоторых случаях следы правки источников отразились в древнейших списках «Книги степенной» (прежде всего, в Волковском). Историко-политическая концепция «Книги степенной» формировалась под влиянием ряда памятников древнерусской оригинальной и переводной литературы: «Поучения благого царства» Агапита, «Русского Хронографа» редакции 1512 г., Никоновской летописи, произведений, созданных по случаю заключения Флорентийской унии (см. Ферраро-Флорентийский собор), сочинений Иосифа Волоцкого, митрополита Макария и т.д.