Аббатом Сито стал Клод Воссен, выступавший против реформирования цистерцианского Ордена. Папа Александр VII (1655–1667 гг.) вызвал представителей конфликтующих сторон в Рим, где было принято компромиссное решение: буллой «In suprema» (от 19 апреля 1666 г.) папа подтвердил единство Ордена и его административных структур, сторонники строгого соблюдения устава остались в юрисдикции Сито, но получили право назначать трёх из пяти дефиниторов. Арман Жан де Рансе, аббат монастыря Ла-Трап (впоследствии основатель Ордена траппистов), попытался апеллировать к французскому королю Людовику XIV. По дороге из Рима он остановился в Клерво и провёл ночь в молитве у гробницы Бернарда Клервоского, а утром просил аббата Пьера III Анри (1654–1676 гг.) разрешить ему стать затворником в Клерво. Ему было отказано; апелляция к королю также не увенчалась успехом. В 1667 г. генеральный капитул Ордена цистерцианцев одобрил папское решение. В XVI–XVIII вв. аббатство Клерво несколько раз перестраивалось. В начале XVI в. расширили здание библиотеки. При аббате Клоде Ларжантье был проведён ремонт церкви, зданий аббатства, а также церковного органа. В 1706 г. из-за удара молнии в Клерво случился сильный пожар, после которого проводилась серьёзная реконструкция монастырских зданий. При аббате Робере Гассо де Деффане (1718–1740 гг.) началось капитальное строительство: расширен двор в доме аббата, для чего пришлось полностью перестроить западную часть церкви, в результате работ оказались уничтожены капеллы хора, повреждены многие надгробия и памятники. В церкви полностью переделали орган, поставили мраморные алтари, статуи (сиденья для хора стоили 7 тыс. ливров, новый главный алтарь обошёлся в 3 тыс. ливров). При аббате Пьере V Майоре (1740–1761 гг.) значительные денежные суммы также были потрачены на строительные работы. При этом парижский коллеж св. Бернарда пришёл в упадок. В 1738 г. генеральный капитул обращался к монастырям Ордена с просьбой собрать деньги на его обеспечение. К 1768 г. в Клерво было 54 насельника; аббатству принадлежали 15 тыс. га лесных угодий и больше 4 тыс. га пахотных земель, промышленный район с рудниками, доменными печами и кузницами, дома в Бар-сюр-Об, Труа и Дижоне. Ежегодный доход монастыря составлял больше 78 тыс. ливров. Последним аббатом Клерво стал Луи Мари Рокур (1780–1790 гг.). В 1788 г. были перестроены здание библиотеки, дом для новициев, пекарня и мельницы; планировалось реконструировать гробницу католического святого Бернарда Клервоского, покрыть пол хора в церкви мрамором, перестроить сакристию, возвести новую колокольню. Накануне Французской революции в Клерво было 25 монахов, десять братьев-мирян и десять пенсионеров. Из всех цистерцианских аббатств у Клерво было наибольшее число дочерних монастырей; первым дочерним монастырём Клерво в 1118 г. стал Труа-Фонтен. К 1153 г. у Клерво было 66 крупных и 98 мелких дочерних монастырей, к 1250 г. – 339 (половина всех монастырей Ордена), а к концу Средневековья – 80 крупных и 365 мелких обителей. Часть монастырей перешла в Орден цистерцианцев из других конгрегаций. Так, в 1147 г. цистерцианский устав приняло аббатство Савиньи и связанные с ним английские монастыри. Первым дочерним монастырём Клерво в Англии стало аббатство Риво (основано в 1132 г.).