В 1245 г. папа Иннокентий IV одобрил основание коллежа. Под давлением папы коллеж признал и генеральный капитул Ордена цистерцианцев, но долгое время учебное заведение содержалось за счёт средств, поступавших из Клерво, поэтому доступ в него монахам из других ветвей Ордена был ограничен. С 1275 г. коллеж был инкорпорирован в Парижский университет, а в 1320 г., когда экономическое положение Клерво ухудшилось, передан на содержание всего Ордена цистерцианцев. В 1262 г. община Сито, не посоветовавшись, как это было принято, с «первыми отцами», т.е. аббатами первых дочерних монастырей Сито, избрала аббатом приора Иакова II (ум. в 1265 г.). Настоятель Понтиньи отказался признать это решение. Но поскольку в уставе цистерцианского Ордена «Carta caritatis» не было предусмотрено каких-либо особых полномочий для «первых отцов», формальных оснований для отмены избрания не нашлось. На генеральном капитуле 1263 г. вместо ожидавшегося примирения Иаков II, аббат Сито, несмотря на протесты Филиппа, аббата Клерво (1262–1273 гг.), отказался принять в дефиниторы (так назывались пять советников при главе Ордена цистерцианцев) кандидата от Клерво. Аббат Сито действовал вопреки решению генерального капитула 1197 г.: глава Ордена обязан назначить дефиниторами тех, кто угодны «первым отцам». Спустя несколько дней после капитула аббат Филипп был избран на епископскую кафедру Сен-Мало. Желая отказаться от епископского сана и подать жалобу на аббата Сито, он отправился в Рим к папе Урбану IV. Иаков II пригрозил Филиппу отлучением и потребовал вернуться в Сито. Тем не менее, настоятелю Клерво удалось убедить папу, что поведение аббата Сито угрожало основам цистерцианского Ордена. Чтобы исправить положение, папа отправил доверенных лиц (Николая, епископа Труа, Стефана, аббата Мармутье, и доминиканца Жоффруа из Больё, исповедника французского короля Людовика IX) с визитацией в Сито. В результате было признано, что «первые отцы» обязательно должны участвовать в выборах аббата Сито, если же аббат Сито совершает проступок, то «первые отцы» имеют право наложить на него взыскание. Это решение не устроило аббата Сито, который апеллировал к папе Римскому. В ответ аббат Клерво, опасаясь насилия со стороны аббата и братии Сито, добился от папы разрешения не участвовать в заседании следующего генерального капитула Ордена в 1264 г., а аббатство Клерво на время разбирательства было освобождено от ежегодных взносов на содержание Ордена. После смерти Урбана IV новый папа Климент IV буллой «Parvus fons» (от 9 июня 1265 г.) предложил компромиссное решение: «первые отцы» при выборе дефиниторов предлагают аббату Сито пять кандидатов, четырёх из них он должен принять в обязательном порядке, а одного может отвергнуть. Примирение по вопросу о дефиниторах было достигнуто на генеральном капитуле 1265 г. при посредничестве бывшего аббата Сито Ги III, кардинала-пресвитера римской церкви Сан-Лоренцо-ин-Лучина. Тем не менее, вопрос о власти главы Ордена и правах «первых отцов» не получил решения, а аббаты Клерво в следующем столетии стали активнее претендовать на ведущее положение в Ордене, опираясь на авторитет Бернарда Клервоского и привилегии, полученные ими от Римских пап.