Завершение строительства и освящение церкви совпали с канонизацией Бернарда Клервоского в 1174 г. Его мощи торжественно перенесли из могилы у входа в южный трансепт и поместили в мраморную гробницу за главным алтарём. С этого времени в Клерво началось массовое паломничество. В 1178 г. крыша церкви была покрыта свинцовыми пластинами (подарок английского короля Генриха II). В церкви было 32 алтаря, поскольку в Клерво до XVIII в. сохранялся обычай не служить в день больше одной мессы на одном и том же престоле (позже, когда в одной из капелл была устроена усыпальница графов Фландрии, алтарей стало 37). Преемником Бернарда Клервоского стал аббат цистерцианского монастыря Дюн (Бельгия) Роберт I из Брюгге (1153–1157 гг.). Многие аббаты Клерво активно участвовали в религиозно-политической жизни Западной Европы. Так, Фастред, аббат Клерво в 1157–1161 гг. (до избрания аббатом Клерво он был настоятелем монастыря Камброн, а позже стал аббатом Сито), поддержал папу Римского Александра III в борьбе против антипапы Виктора IV и императора Фридриха I Барбароссы. С одной стороны, император Фридрих I Барбаросса стал препятствовать распространению цистерцианского Ордена на своих землях, а с другой стороны, папа Александр III в 1179 г. даровал Клерво право приглашать для совершения таинств любого епископа и освободил монастырь от юрисдикции местного ординария в этом вопросе. В 1230 и 1237 гг. привилегию подтвердил папа Григорий IX, добавив, что таинства в Клерво могли совершать и те епископы, которые удалились в аббатство на покой. Некоторые аббаты Клерво покидали пост из-за внутренних конфликтов в Ордене, как, например, в 1165 г. Годфруа, бывший аббат Иньи и секретарь Бернарда Клервоского. Аббат Герард I в 1175 г. был убит во время визита в Иньи, где когда-то был монахом. Но в большинстве случаев аббаты Клерво становились настоятелями других монастырей или епископами. Например, Генриху де Марси, аббату Клерво в 1176–1179 гг., предлагали стать настоятелем Сито; он являлся одним из претендентов на Папский престол после смерти Урбана III (1187 г.). Папа Римский Григорий VIII назначил Генриха де Марси легатом и поручил ему проповедь третьего Крестового похода. Во второй половине XII в. доходы аббатства значительно выросли за счёт хозяйственной активности монастыря и пожертвований (в этот период было сделано около 1 тыс. дарений в пользу Клерво), следствием чего стали регулярные нарушения монахами Клерво строгих правил первых цистерцианцев, так что генеральный капитул Ордена неоднократно налагал взыскания на аббата Гарнье де Рошфора (1186–1193 гг.) за стремление к роскоши и излишнюю расточительность. При аббате Понсе (1165–1170 гг.) епископ Вальтер Лангрский разрешил основать в Дижоне так называемое Малое Клерво (Claravallis Parva), которое позже стало официальной резиденцией аббатов Клерво. В 1224 г. аббатство Клерво приобрело дом в Париже для своих монахов, чтобы они могли учиться в Парижском университете. По решению генерального капитула с 1237 г. для всех аббатов обязательным условием стала учёная степень. В 1244 г. по распоряжению аббата Стефана из Лексингтона в Париже был основан коллеж св. Бернарда, его выпускники получали степень лиценциата богословия.