Особую важность для изучения комплекса аббатства до его перестройки в XVIII в. представляет чертёж, сделанный в 1708 г. Никола Мийеем, приором аббатства Мор (хранится в муниципальной библиотеке Труа). 2 ноября 1789 г. революционным правительством был издан Декрет о секуляризации церковного имущества. В декабре 1789 г. значительная часть золотых и серебряных украшений, утварь и драгоценные реликварии были изъяты из Клерво и отправлены в Париж на монетный двор. 13 февраля 1790 г. конфискована монастырская собственность, 17–24 ноября того же года здания аббатства были опечатаны. Чтобы спасти от поругания монастырские святыни, аббат Л.М. Рокур отправил монаха Сезера с частицами мощей и реликвий в Оберив, но тому пришлось остановиться в Маранвиле. После его смерти (1814 г.) святыни из Клерво были поделены между тремя семьями; впоследствии две семьи передали их епископу Лангра и в приходскую церковь в Фонтен-ле-Дижон. Другие реликвии аббат вручил Огюстену Летранжу, монаху-трапписту, который вместе с небольшой группой покинул Францию и поселился в бывшей картузианской обители в Ла-Вальсент (Швейцария). Позже реликвии были перенесены в аббатство Бельфонтен в Анже. Широко почитаемые в Клерво главы католических святых Бернарда Клервоского и Малахии, архиепископа Арма, были спрятаны аббатом Л.М. Рокуром и в настоящее время хранятся в кафедральном соборе в Труа (небольшие фрагменты мощей находятся также в Фонтен-ле-Дижон, Лангре и в церкви в Виль-су-ла-Ферте). Сам аббат Л.М. Рокур поселился в Бар-сюр-Об; скончался в 1824 г. 15 января 1792 г. аббатство было выставлено на аукцион. 10 февраля его выкупил за 337 500 ливров П.К. Козон, архитектор из Бар-сюр-Об, и устроил там стекольную фабрику. В 1793 г. библиотеку аббатства разделили между муниципалитетами Труа и Бар-сюр-Об, в начале XIX в. некоторые рукописи были переданы в Национальную библиотеку Франции в Париже. Гробницы внутри церкви вскрыли, захороненные останки были перенесены в церковь в Виль-су-ла-Ферте, а мраморные надгробия проданы. В 1808 г. здания монастыря были выкуплены государством; в Клерво устроена тюрьма. В 1812 г. монастырская церковь была разобрана на строительные материалы, многие здания в Клерво разрушены. В 1813 г. прибыли первые арестанты. В XIX–XX вв. в тюрьме в Клерво находились, главным образом, осуждённые по политическим мотивам (коммунары, князь Пётр Алексеевич Кропоткин, члены французского Сопротивления, французский националист Шарль Моррас). После окончания Второй мировой войны появилась надежда на возрождение аббатства. В декабре 1945 г. Орден цистерцианцев назначил титулярным аббатом Клерво Матьё Катамбе. Однако тюрьма на территории монастыря действует до настоящего времени. Пенитенциарный комплекс занимает 30 га; в бывшем монастырском саду построено здание для содержания заключённых. В 1970 гг. начались реставрационные работы в исторических зданиях Клерво: дом конверсов (XII в.), гостиница для приёма женщин за пределами монастыря (XV в.), рефекторий, кельи и библиотека (XVIII в.). Созданная в 1979 г. ассоциация «Возрождение аббатства Клерво» («Association «Renaissance de l'Abbaye de Clairvaux») занимается организацией посещений Клерво туристами и охраной исторических памятников.