По благословению Кирилла в Вильно в 1586–1593 гг. увидело свет «Поучение епископское новоставленному иерееви». На Собор в Бресте 24 июня 1594 г. прибыли всего три иерарха: митрополит Михаил (Рагоза), Владимиро-Волынский епископ Ипатий (Потей) и Кирилл. Инструкция послам виленского Свято-Троицкого братства на Собор предусматривала усиление роли мирян в церкви и ограничение власти епископов. Послы виленского братства предложили, чтобы патриарший экзарх назначался из Константинополя или избирался из местных иерархов. Братчики также считали, что собранные с епархий средства на школы должны передаваться не Кириллу, а Ипатию (Потею). Предложения братства были отклонены епископами – участниками Собора, конфликт между мирянами и иерархами обострился, что заставило их принять окончательное решение об унии. Кирилл не подписал соборную грамоту. 27 июня, сразу же после Собора, в городе Сокале (ныне Львовской область, Украина) состоялась встреча епископов: Луцкого Кирилла, Львовского Гедеона (Балабана), Перемышльского Михаила (Копыстенского), Холмского Дионисия (Збируйского), ими было принято окончательное решение о подчинении папе Римскому. Кириллу были даны полномочия вести соответствующие переговоры. Участники встречи письменно заявили о согласии заключить унию и обсудили некоторые условия её принятия. Были составлены адресованные папе Клименту VIII «артикулы» – условия, на которых епископы соглашались на подчинение Киевской митрополии его власти. Текст документа, по мнению исследователей, дополнялся и переделывался, после того как в конце 1594 г. к вышеназванным епископам присоединились при посредничестве Кирилла митрополит Михаил (Рагоза) и епископ Ипатий (Потей). В феврале 1595 г. Кирилл передал «Артикулы» в Кракове королю «тайно, из-за страха перед князем Острожским, киевским воеводой». В сплочении православных архиереев вокруг замысла об унии активную роль играл католический Луцкий епископ Бернард Мацеёвский, поддерживавший тесные отношения с Кириллом. Важные решения были приняты на встрече Бернарда Мацеёвского, Кирилла и Ипатия (Потея) в конце 1594 г. в Торчине, имении Б. Мацеёвского под Луцком. На съезде православных епископов в июне 1595 г. был составлен окончательный текст условий, на которых они соглашались подчиниться власти папы (из 33 статей); условия были обращены к папе и к королю Сигизмунду III. Окончательному тексту условий унии предшествовал документ под заголовком «Соглашение духовенства латинского и русского при посредничестве епископа Кирилла Терлецкого, епископа Луцкого, с ведома его королевской милости и панов сенаторов». Изменивший планам унии Львовский епископ Гедеон (Балабан) 1 июля 1595 г. внёс во владимирские гродские книги протестацию с обвинением Кирилла в фальсификации документов: якобы Кирилл как патриарший экзарх получил от епископов, в том числе от Гедеона, чистые бланки с подписями («мемраны», «бланкеты») и в 1590 и 1594 гг. вписал в них требования заключения унии с католической церковью без ведома епископа Гедеона. По мнению исследователей, Львовский епископ подал протестацию против Кирилла под влиянием князя К.К. Острожского, который стремился остановить процесс подготовки унии: в июне 1595 г. состоялась встреча Гедеона (Балабана) с князем К.К. Острожским, на которой князь убедил епископа помириться с Львовским братством и остаться в православии.