Накануне поездки в Рим в 1595 г. епископ с разрешения короля отдал в аренду некоторые поместья Луцкой кафедры, из полученных средств оплатил долги и взял себе на дорогу. Брат епископа Ярош в 1595 г. получил в аренду церковное имение Рожище с присёлками. В 1597 г. село Липляны было передано шляхтичу А. Духновичу (Дахновичу), в аренду отданы корчмы в Буще, Пелче и Будераже. Имения кафедры часто подвергались грабежу со стороны местных землевладельцев. В 1590 г. Кирилл обратился к князю К.К. Острожскому, имевшему обширные владения на территории Луцкой епархии, и жаловался ему на его наместников и старост, что они притесняют православных священников. 16 июня князь дал приказ всем своим наместникам и старостам не вмешиваться в дела, подлежащие власти епископа. В 1591 г., воспользовавшись отсутствием Кирилла, войский луцкий Ждан Боровицкий завладел епископским двором в Остроге. Архиерей принёс жалобу князю К.К. Острожскому, но Ждан Боровицкий рассказал князю о преступлениях Луцкого епископа, и с того времени Кирилл лишился расположения киевского воеводы. 4 октября 1590 г. Кирилл вместе со своей капитулой принёс жалобу на королевского секретаря Мартина Броневского за захват имения Луцкой кафедры Фалемичи. Кирилл имел острый конфликт с принявшим католичество луцким старостой Александром Семашко, который препятствовал совершению православного богослужения в луцком замке, где находились православный собор и архиерейский дом, приказывал стрелять по собору из ружей. Большой урон имениям Луцкой кафедры был нанесён во время восстания Северино Наливайко (1594–1596 гг.). Активизация внутренней жизни Киевской митрополии связана с приездом в Речь Посполиту Константинопольского патриарха Иеремии II (Траноса) в 1588–1589 гг. В Бресте патриарх возвёл Кирилла в достоинство патриаршего экзарха (грамота от 14 августа 1589 г.). Кирилл получил руководство над духовными делами митрополии, ему был поручен надзор за епископами, экзарх имел право не только исправлять архиереев, но и запрещать «негодных». Это была новая должность в Западнорусской церкви, её учреждением патриарх открыто выразил недоверие Киевскому митрополиту Михаилу (Рагозе); по мнению исследователей, в митрополии появилось санкционированное патриархом двоевластие. Иеремия II дал на имя Кирилла ту же самую грамоту, какую раньше в Вильно дал на имя митрополита Михаила: о недопущении приходящих из стран Востока духовных лиц совершать какие-либо церковные дела в Киевской митрополии. После переезда патриарха в Замостье он вызвал туда несколько западнорусских епископов, в том числе Кирилла, подверг их суду и отпустил с миром, преподав благословение; в частности, патриарх отменил навечно любые претензии к Кириллу. В сентябре 1589 г. Кирилл ещё раз ездил на встречу с патриархом в Красностав вместе с Перемышльским епископом Арсением (Брылинским). В октябре патриарх находился в Тарнополе (ныне Тернополь), где состоялся суд над Львовским епископом Гедеоном (Балабаном) в связи с его конфликтом с Львовским братством, на суде присутствовал и Кирилл. Конфликт был разрешён в пользу братства. Несколько грамот патриарха были подписаны в том числе Кириллом (здесь он не назван экзархом).