Фасады собора украшены мозаиками работы художника А.А. Манькова. Иконостас выполнен искусными резчиками по проекту «Укрреставрации». Возрождается монастырское богослужение. В обители три хора – праздничный, братский и детский. Используется преимущественно распев Киево-Печерской лавры и другие старинные распевы. 5 октября 1993 г. были обретены и перенесены в Троицкий собор Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря нетленные мощи преподобного Ионы. Святыня хранится в соборной крипте в мраморной раке. В левом приделе церкви находится кипарисовый гроб, собственноручно изготовленный архимандритом Ионой, а также некоторые его личные вещи. В 2010 г. из Покровского монастыря была возвращена икона Божьей Матери «Троеручица» – келейный образ, особо чтимый преподобным, написанный по его просьбе в Белобережской брянской пустыни. На месте явлений преподобному Ионе Пресвятой Богородицы установлен крест, освящённый 25 июля 1996 г. митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром (Сабоданом). 4 ноября 1999 г. было установлено общецерковное прославление преподобного Ионы. Основными памятными датами обители являются: праздник Святой Троицы; 25 июля – празднование иконе Божьей Матери «Троеручица»; дни явления Божьей Матери преподобному Ионе – 1 марта (1861 г.) и 9 марта (1862 г.); 9 января – день кончины преподобного Ионы; 5 октября – обретение его мощей. В Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре есть библиотека, воскресная школа для взрослых, певческая и художественная школы, при монастыре трудятся вышивальщицы. В стенах обители готовились и выходили в эфир радиопрограмма «Православный мир», телепрограмма «Православный календарь», телесериал «Паломник». Основным направлением социальной деятельности братии является работа с детьми и молодёжью. В 1996 г. была организована детская воскресная школа (под руководством О.В. Алексеевой), по четвергам проходят беседы для молодёжи 18–30 лет, действуют объединение «Молодость неравнодушна» и волонтёрские группы, оказывается помощь детским домам, домам престарелых, детским больницам. В Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре совершается литургия с сурдопереводом. С 2000 г. издаётся «Ионинский листок», еженедельная иллюстрированная газета. Первые места на конкурсах изданий для юношества занимает регулярно выходящий журнал «Отрок». В 1997 г. Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре были переданы Зверинецкие пещеры, где был устроен скит во имя архангела Михаила, впоследствии преобразованный в самостоятельный монастырь. В 2004 г. в селе Нещеров Обуховского района Киевской области был учреждён Преображенский скит. В 2008 г. решением Синода УПЦ в селе Великая Ольшанка Васильковского района Киевской области открыто подворье Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря – женский монастырь в честь иконы Божьей Матери «Отрада и Утешение». С 1999 г. настоятелем Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря является архимандрит Иона (Черепанов), хиротонисанный 26 августа 2011 г. во епископа Обуховского, викария Киевской епархии.