В 1896 г. в Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре была возведена временная деревянная колокольня. В мае того же года из Москвы был привезён отлитый на заводе Андрея Дмитриевича Самгина колокол весом 1150 пудов (в то время самый большой в Киеве) и несколько мелких – по 57 пудов. В 1880–1890 гг. в Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре были сооружены трапезная, игуменский, больничный и просфорный корпуса, устроены хлебопекарня, просфорня, свечная, иконописная, переплётная, столярная мастерские. Дети из школы-приюта помимо изучения общеобразовательных предметов могли обучаться ремёслам – столярному, сапожному, кузнечному и др. В 1878 г. в школе числилось 28 учеников, в 1904–1905 гг. – 61 ученик. Последними крупными строительными начинаниями игум. Ионы стали сооружение 4-этажного корпуса на 87 келий (строительство обошлось в 100 тыс. р. и велось на средства благотворителей) и оформление разрешения властей на возведение колокольни. Монастырская усадьба «находилась в черте эспланады Киевской крепости, почему всякий раз при возведении каменных построек необходимо было испрашивать Высочайшее соизволение»; когда подавали на утверждение проект келейного корпуса, «дабы не утруждать два раза священную особу государя», главное инженерное управление потребовало предоставления и проекта колокольни, к-рый срочно подготовил Николаев (Центральный государственный исторический архив Киева). Разрешение было получено в 1901 г., но начало строительства откладывалось: колокольня должна была стать самой высокой в России, выше лаврской. Высота колокольни предполагалась 110 м, высота каменной кладки – 75 м, диаметр в основании – 30 м, толщина стен первого яруса – 9 м. На каждом из четырёх ярусов решено было устроить круглый зал диаметром 11 м и высотой 17 м, для подъёма колоколов в перекрытиях оставляли круглые отверстия диаметром 4,5 м, на первом ярусе запланировали устроить двое ворот, а для подъёма на колокольню спроектировали не лестницу, а винтовую дорожку длиной 370 м и шириной 1 м. 27 июля 1903 г. состоялась торжественная закладка колокольни, но к 1917 г. возвели только первый ярус. Игумен Иона отличался странноприимством и заботой о нищих. Ежедневно в Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре около 400 паломников могли получить двухразовое горячее питание и ночлег в трёх гостиницах. В обители для богомольцев было 19 деревянных помещений и летняя столовая с кухней. Школа-приют для мальчиков-сирот и больница со странноприимным домом содержались исключительно на монастырские средства, без дотаций из казны. Всего на плане 1900 г. обозначено 125 строений. В начале XX в. монастырские постройки занимали 10 десятин, а огород, сад и виноградник – больше 2 десятин (Центральный государственный исторический архив Киева). Игумен Иона разрешал сажать в Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре только плодовые сады, причём «деревья, не приносившие плодов, он вырубал собственноручно». В 1917 г. в монастыре было 45 жилых помещений: 39 занимали насельники, пять корпусов отводилось для странников и богомольцев, в одном корпусе располагалась больница.