За оградой находилось пять жилых помещений, в двух из них размещались школа-приют для мальчиков, в остальных проживали монастырские рабочие. Кроме того, в монастыре были устроены мастерские: живописная, переплётная, столярно-плотницкая, бондарная, сапожная, портняжная, кузнечно-слесарная; отдельное здание было построено для башенных часов. 17 января 1886 г. указом Синода игумен Иона был возведён в сан архимандрита и назначен одновременно настоятелем возрождавшегося Межигорского в честь Преображения Господня монастыря. Киевский Ионинский во имя Святой Троицы мужской монастырь был приписан к Межигорской обители, которая в 1894 г. была преобразована в женскую (с отделением от неё Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря со всеми угодьями и капиталами), и передан в ведение киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря; по настоянию архимандрита Ионы Киевский Ионинский во имя Святой Троицы мужской монастырь стал самостоятельным. Но в декабре 1899 г. в связи с преклонным возрастом преподобный был освобождён от управления обителью и поселился в деревянном домике (построен в 1884 г.; снесён в 1950 гг.). 15 декабря 1901 г. он соборовался и до самой кончины ничего не ел, ежедневно причащался и пил св. воду. Сразу после кончины преподобного настоятель Выдубицкого монастыря архимандрит Евлогий отслужил панихиду по старцу. 1 января гроб с телом почившего был перенесён в храм Святой Троицы. 12 января 1902 г. пребывавший на покое епископ Сильвестр (Малеванский) и около 60 клириков в присутствии около 30 тыс. паломников совершили отпевание основателя монастыря. Затем гроб с телом старца трижды обнесли вокруг храма. Он был погребён в склепе под Свято-Троицким собором. В 1899–1902 гг. Киевский Ионинский во имя Святой Троицы мужской монастырь возглавлял игумен Евгений, в 1902–1911 гг. – архимандрит Мелхиседек (Стеценко), при котором в 1902–1909 гг. производился капитальный ремонт Троицкого храма. В 1911 г. новым настоятелем был назначен иеромонах (впоследствии архимандрит) Иувеналий (Онокало). В 1869 г. в Киевском Ионинском во имя Святой Троицы мужском монастыре проживали 27 насельников, в том числе иеросхимонах и четыре иеромонаха, в 1901 г. – 470 насельников, в 1905 г. – 523 (обитель среди киевских монастырей занимала второе место по числу братии после Киево-Печерской лавры), в 1908 г. – 602, в 1913 г. – 559 насельников, в том числе 54 иеромонаха, 27 иеродиаконов, 124 монаха и 354 послушника. Киевский Ионинский во имя Святой Троицы мужской монастырь являлся единственной мужской общежительной обителью в Киеве. Преподобный Иона не позволял принимать братию из других монастырей, в Киевский Ионинский во имя Святой Троицы мужской монастырь поступали только миряне. Около десяти пострижеников Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря стали настоятелями других обителей. Так, настоятелем оренбургского Макариевского Успенского монастыря был Вениамин (Курач), Жаботинского Чубовского во имя преподобного Онуфрия Великого монастыря – Евгений (Загородний), строителем Пречистенского скита в местечке Церковщина – Мануил (Ковш; в схиме Серафим).