В 1944 г. уполномоченный по делам РПЦ при СНК УССР Павел Семёнович Ходченко рекомендовал властям административное выселение братии (Центральный государственный архив гражданских объединений Украины). Большинство монахов вместе с настоятелем были переведены в Киево-Печерскую лавру, а некоторым из них пришлось скрываться за территорией монастыря. После закрытия обители иеромонах Димитриан (Васянович) работал дворником в ботаническом саду, организованном на месте монастыря; проживал в ветхой часовой башне, в которой по ночам тайно служил литургии. В Троицком соборе размещались лаборатории, а затем склад и свалка Центрального республиканского ботанического сада, образованного в 1944 г. в новых пределах за счёт расширения границ прежнего сада Института ботаники АН УССР. В середине 1960 гг. Троицкий храм было решено перестроить под музей ботаники. В 1980 гг. «Укрреставрация» восстановила старинные росписи в храме и частично отремонтировала здание церкви, находившееся в аварийном состоянии. В октябре 1966 г. был вскрыт склеп, в котором покоились мощи преподобного Ионы. Монахи Печерской лавры, проживавшие в миру и регулярно читавшие акафист у могилы преподобного, нашли в кустах часть его мощей (руку). Во избежание новых надругательств над телом старца схиархимандрит Прохор (Дубровский) при содействии печерского иеродиакона Игоря перезахоронил мощи святого на Зверинецком кладбище в одной могиле с Калужским епископом Виталием (Иосифовым). Согласно архивным документам, владения Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря включали шесть имений-экономий, каждое из которых преобразовывалось в полноценное подворье с храмом. По благословению преподобного Ионы на хуторе Васильчики на реке Сырец, завещанном княгиней Е.А. Васильчиковой, был построен деревянный Знаменский храм и открыт женский скит, в котором подвизались духовные чада старца. Впоследствии скит был преобразован в мужской. По проекту Евгения Фёдоровича Ермакова вместо деревянной церкви был возведён и в сентябре 1913 г. освящён каменный Знаменский храм. В память о щедрой благотворительнице скит именовался Васильчиковой или Дальней дачей. В январе 1930 г. скит был закрыт, а территория передана Ветеринарно-зоотехническому институту. Знаменский храм, продолжавший действовать в статусе приходского, был закрыт в 1933 г., разрушен в 1936 г. В середине 1930 гг. на месте скита и хутора были построены две правительственные дачи (в 2013 г. эта территория находилась в черте Шевченковского района города Киева). В восточной части парка, на месте хутора Васильчики, сохранились подземные погреба, ранее принадлежавшие скиту. Не позднее 1913 г. насельники Киевского Ионинского во имя Святой Троицы мужского монастыря устроили также скит «Ближняя дача» с храмом в честь иконы Божьей Матери «Знамение», расположенный на Шулявке на Брест-Литовском шоссе. В начале 1930 гг. передан военному ведомству, в 1941–1945 гг. разрушен. К 1867 г. княгиня Е.А. Васильчикова пожертвовала Киевскому Ионинскому во имя Святой Троицы мужскому монастырю участок (около 60 га леса, прудов и сенокоса) близ села Гусинцы (Гусиное) Переяславского уезда Полтавской губернии. Около 1880 г. рядом с селом, у берегов Днепра, был учреждён мужской скит в честь Преображения Господня с больницей, маслобойней и паровой мельницей.