Согласно ответу католикоса-патриарха Восточной Грузии Антония II (Багратиони; 1788–1811 гг.) на запрос главноуправляющего Грузией генерала Карла Фёдоровича Кнорринга, в Кахети в это время существовали шесть епархий: Алавердская, «состоявшая под управлением католикоса», Бодбийская, Ниноцминдская, Руставская, Некресская и Харчашнийская. Вскоре Харчашнийская епархия слилась с Алавердской (точная дата исследователям неизвестна), Ниноцминдская – с Руставской (1803 г.), архиерей Стефан стал именоваться митрополитом Ниноцминдским и архиепископом Руставским. Согласно статистическим данным начале XIX в., в Алавердской епархии насчитывалось 48 селений, 342 крестьянских двора и 113 церквей; в Бодбийской – 31 селение, 729 дворов, 100 церквей, проживали 28 князей; в Некресской – 14 селений, 86 дворов, 56 церквей, было пять князей; в Ниноцминдской – 30 селений, 113 дворов, 67 церквей, жил князь; в Руставской – 8 селений, 58 дворов, 20 церквей, был князь. В 1811 г. автокефалия ГПЦ была упразднена, церковь в Грузии вошла в состав новообразованного Грузинского экзархата РПЦ. В том же году по решению Святейшего Синода в Кахети была учреждена Алавердско-Кахетинская епархия во главе с митрополитом Бодбийским Иоанном (Макашвили). В 1814 г. в Кахети образовались Телавская (Осетинская) и Сигнахская епархии. Кахетинская и Алавердская епархия охватывала Телавский (кроме территорий бывшей Руставской епархии) и Ананурский уезды, «а кроме сих уездов... все осетинцы и горные жители, по сю и ту сторону Кавказа... в Грузии и Имерети». Во главе стоял архиепископ Телавский и Грузино-Кавказский; на него возлагались все обязанности руководителя Моздокской осетинской комиссии (см. Осетинская духовная комиссия). Наместником Телавского архиепископа считался настоятель монастыря Шуамта. Сигнахская епархия включала одноимённый уезд и бывшую Руставскую епархию (часть Телавского уезда). Архиерей именовался митрополитом Сигнахским и Кизикским. В 1818 г. на территории Картли и Кахети была образована единая Карталино-Кахетинская епархия Грузинского экзархата РПЦ. По решению Синода «митрополита Иоанна Бодбели, имевшего в ведении своем Сигнахскую епархию... из уважения к летам и службе его» оставили «при управлении оною по смерть его, но с зависимостью экзарха» (ум. в 1837 г.). Епархии ГПЦ, существовавшие на территории Кахети до начала XIX в.: Алавердская, Бодбийская (Кизикская), Гишская, Кацаретская (Самебская), Курмухская, Некресская, Ниноцминдская, Руставская, Хорнабуджская, Челетская, Черемская, Харчашнийская. Князья Кахети: Григол (787–827 гг.), Дачи (Ваче; 827–839 гг.), Самоэл (839–861 гг.), Габриел (861–881 гг.), Фадла I (881–893 гг.), Квирике I (893–918 гг.), Фадла II (918–929 гг.), Квирике II (929–976 гг.), Давид (976–1010 гг.). Князья Эрети: Сумбат (конец VIII – начало IX вв.), Сахл (первая половина IX в. – около 853 г.), Адарнерсе (около 853 г. – третья четверть IX в.), Григол Хамам (около четвёртой четверти IX в. – 897 г.; царь с 893 г.). Цари Эрети: Адарнасе Патрикий (около первой четверти X в.), Ишханик Абу Абд аль-Малик (930–950 гг.), Иоанн Сенекерим (950–960 гг.). Цари Кахети-Эрети: Квирике III Великий (1014 – 1037/1039 гг.), Гагик (1037/1039 – 1058 гг.), Ахсартан I (1058–1084 гг.), Квирике IV (1084–1102 гг.), Ахсартан II (1102–1104 гг.). Цари Кахети: Георгий I (1466–1476 гг.), Александр I (1476–1511 гг.), Георгий II (1511–1513 гг.), Леван (1520–1574 гг.), Александр II (1574–1601, 1602–1605 гг.), Давид I (1601–1602 гг.), Теймураз I (1606–1616, 1634–1648 гг.; царь Картли и Кахети в 1623–1632 гг.), Ростом (царь Картли и Кахети в 1648–1656 гг.), Арчил II (1664–1675 гг.), Давид II (Имамкули-хан; 1703–1722 гг.), Константин II (Махмадкули-хан; 1722–1733 гг.), Теймураз II (1733–1744 гг.), Ираклий II (1744–1762 гг.).