В 1579 г. царь Кахети Александр II подтвердил права Светицховели, полностью или частично, на 150 сёл и монастырей Кахети, в том числе на монастыри Квавистави (ныне близ села Сартичала), Мартвили, Ванта (близ Телави), Варцана (в селении Шилда), Бочорма, Ануши, Джвари; церкви Ражиани (св. Раждена в Уджарме?), Светицховели в Тианети, Чиабери, «воздвигнутую Давидом Строителем» (Гурджаани?); крепости Килмати (ныне Русиани), Верена (ныне Верона), Сапсите и Модамнахе (близ Телави); сёла Кахисубани, Лагодехи, город Греми и др. В грамоте не упоминаются монастыри Гареджи. Цари Кахети щедро жертвовали средства также на нужды грузинских обителей на Святой земле. Так, царь Леван (1520–1574 гг.) выкупил у турок «места Страстей Христовых... и отстроил заново мрамором Гроб Христов и Голгофу», и «стали христиане праздновать в Сионе, на святой Горе Господней». В Иерусалиме представители княжеского рода Чолокашвили Бежан и Баадур восстановили «монастырь святых Феодоров» – обитель во имя великомученика Феодора Стратилата и великомученика Феодора Тирона близ здания патриархии (первая половина XVI в.), царица Елена (ум. в 1695 г.) – монастырь святителя Николая. Цари Кахети Леван и Александр II оказывали значительную помощь монастырю Филофея на Афоне. В начале XVII в. положение резко изменилось. После опустошительных походов персидского шаха Аббаса I в 1614–1616 гг. сёла и города Кахети были практически уничтожены, более трети населения погибло или было угнано в Иран. Особенно сильно пострадала пустынь Гареджи, большинство обителей которой были разорены. В 1616 г. здесь было замучено около 6 тыс. (по другой версии, около 600) насельников гареджийских монастырей (Гареджийские преподобномученики). Персидские шахи пытались исламизировать страну: управление Кахети было передано кызылбашам, в обществе насаждались персидские обычаи, на территорию Кахети были переселены тюркские кочевые племена, поощрялись разбойничьи нападения лезгин на грузинские сёла. Церковная жизнь в XVII в. замерла. Лишь на рубеже XVII и XVIII вв. настоятель Давидгареджийской лавры преподобный Онуфрий Гареджийский (Мачутадзе; 1690–1712 гг.) построил церковь во имя Петра и Павла в Сагареджо. Кахетинские Багратиони – принявшие ислам царь Давид II (Имамкули-хан), которому персидский шах вернул трон в 1703 г., и вслед за ним царь Константин II (Махмадкули-хан) – в первую очередь, пытались отвоевать Чар-Белакани, где были сосредоточены основные силы лезгинских племён и откуда осуществлялось руководство набегами на Кахети. Они предприняли несколько походов, которые закончились поражением; после этого «усилились чарцы и построили укрепления, потом выступили и заняли окрестности (Чари) и стали ещё больше нападать, разорять, захватывать пленных, опустошать и убивать в Гагмахари и Кахети беспрерывно... Потом захватили Элисени и начали свои походы и опустошили многие сёла так, что Имамкули-хан оставил Карагаджи и дворец свой устроил в Телави и Манави (село, ныне в Сагареджойском муниципалитете) и зимой пребывал там, а летом – в Магаро (село, ныне в Кварельском муниципалитете)». В 1724–1735 гг. в Кахети владычествовали турки. Лезгины беспрепятственно грабили страну, семья царя Константина II укрывалась в горах Тушети. В 1736 г. брат Давида II царь Теймураз II, заключив кратковременный союз с персами, освободил Кахети от турок и совершил несколько походов против дагестанцев и лезгинских племён. Персидский правитель Надир-шах Афшар (1736–1747 гг.) утвердил Теймураза II в Кахети, а затем пожаловал ему Арагвское и Ксанское эриставства.