В 1744 г. на трон Кахети взошёл сын Теймураза II последний кахетинский царь Ираклий II. После смерти отца в 1762 г. он объединил царства Картли и Кахети в одно государство – Картли-Кахети (подробнее см. в ст. Картли). Во второй половине XVIII в. в Кахети была возобновлена городская жизнь (Телави, Сигнахи), были построены храмы Гвтаеба в селении Ахатели (ныне в Телавском муниципалитете), Пресвятой Богородицы в селении Манави, Квашвети в Гурджаани, Самеба (Святой Троицы) в Мелаани (ныне в Гурджаанском муниципалитете), которые исследователи считают примерами поздней средневековой грузинской церковной архитектуры. В 1758 г. в Телави открылось духовное училище, которое в 1782 г. было преобразовано в духовную семинарию. Важным центром просвещения стал монастырь Марткопи. В XVI–XVIII вв. произошли коренные изменения в епархиальном делении Кахети. Доминирующей стала Алавердская епархия, в кафоликоне монастыря Алаверди была устроена усыпальница царей Кахети. Паства алавердели значительно расширилась за счёт христиан Некресской епархии. Спор шёл за право окормлять население, проживающее восточнее реки Штори: в Напареули, Энисели и Греми. В документе того времени представители алавердели приводили Некресскому архиерею следующие аргументы: «Коль сделали цари епископа Алавердского первым среди кахетинских архиереев и паству его определили, то выше Хидискури (близ Греми?) всё за алавердели оставили». В надписи 1577 г. из церкви Архангелов в Греми «пастырем столицы Кахети» был назван епископ Алавердский. К 1740 гг. алавердели владели территориями Харчашнийской епархии и окормляли жителей Тушети. В конце XVIII в. алавердели именовался католикос-патриарх Грузии Антоний II (Багратиони). Вторым среди архиереев Кахети считался бодбели: в Бодбе короновались цари Кахети. Ниноцминдели, бодбели, самебели (кацарели) и руствели претендовали на право окормлять насельников монастырей пустыни Гареджи. К середине XVI в. в связи с переселением лезгин и исламизацией коренного населения была упразднена Курмухская епархия. Границы Некресской епархии на востоке сократились до села Гавази, на севере из епархии вышли территории Дидоети. В XVII–XVIII вв. церковные кафедры часто сливались (Руставская и Самебская (Кацаретская) – в середине XVII в.; Алавердская и Харчашнийская – в первой половине XVIII в.; Руставская и Бодбийская – к концу XVIII в.) или вдовствовали (Кацаретская, Некресская, Харчашнийская, Гишская – в 1760 гг.). В 1757 г. по указу царей Теймураза II и Ираклия II и католикоса-патриарха Восточной Грузии (Мцхетского) Иосифа (Джандиери; 1755–1764 гг.) территории Черемской епархии были распределены между Алавердской, Бодбийской и Ниноцминдской епархиями. В 1765 г. царь Ираклий II и католикос-патриарх Восточной Грузии Антоний I (Багратиони) передали Кацаретскую епархию в управление Руставскому и Ниноцминдскому епископам. Историк царевич Иоанн Багратиони (1768–1830 гг.) упоминает в этот период бедели (Бедийского архиерея), пастыря христиан Энисели, Белакани (Белокан) и Чар, однако в других источниках сведений о нём нет. В документах XVIII в. архиереи Алавердский, Ниноцминдский и Некресский попеременно именовались архиепископами и митрополитами, епископ Бодбийский – митрополитом, епископ Руставский и Харчашнийский – архиепископом. В 1801 г., с присоединением Восточной Грузии к Российской империи, Кахети вошла в состав Тифлисской губернии России.