Изменения произошли и в церковной географии Кахети. Была образована Алавердская епархия, формирование которой исследователи датируют временем не позднее 1124 г. (Э. Качарава), XI в. (Б. Ломинадзе, Т. Барнавели) или VII–VIII вв. (А. Тордия). Границы епархии Вахушти Багратиони определяет так: «От Турдосхеви (и) Штори (правый и левый притоки реки Алазани в её верхнем течении) вверх до Кахетинской горы и Кавказа». В «Грамоте братии Шиомгвимского монастыря Василию Алавердели» (XIII в.) епископ Алавердский именуется «архиепископом». Епархиальный центр Челетской епархии (Эрцо-Тианети) был перемещён на север, в Харчаши, и епископ стал именоваться «харчашнели» (Харчашнийский). Изменение, как полагают исследователи, было вызвано необходимостью более тесного контакта с горными районами. Харчашнели окормлял помимо Эрцо-Тианети провинцию Пшав-Хевсурети (Пхови), а также Тушети, которая до этого входила в состав Некресской епархии. Из-за полного разорения города Рустави епархиальный центр Руставской епархии был перенесён в монастырь Марткопи, однако архиерей по-прежнему назывался руствели. Власть над монастырями Гареджи перешла к ниноцминдели; в памятнике церковного права XIII в. «Распорядок царского двора» («Освящение мира») он назван архимандритом. Не позднее 1265 г., когда Кахети была разорена монголами, в Хорнабуджской епархии замерла церковная жизнь, её территории вошли в состав Бодбийской. К началу XIV в. кафедральный центр Гишской епархии был перемещён в Курмухи, здесь архиерей стал именоваться архиепископом Курмухским. В церковной иерархии Восточной Грузии из 35 грузинских архиереев епископы Кахети и Эрети при короновании царя сидели следующим образом: алавердели – на шестом месте, кизикели (бодбели) – на седьмом, ниноцминдели – на девятом, руствели – на 18-м, кацарели – на 20-м, харчашнели – на 28-м, черемели – на 32-м, гишели – на 35-м. Отсутствие некресели исследователи объясняют, скорее всего, оплошностью поздних переписчиков («Освящение мира» сохранилось в списках XVI и XVII вв.). В период объединения Грузии епископы Кахети и Эрети иногда занимали и западно-грузинские кафедры: так, исследователям известны епископ Бедийский и Алавердский, епископ Чкондидский и Уджармский (Кацаретский). Наиболее ранние сведения о владениях католикосов-патриархов всей Грузии в Кахети относятся к XI в. Согласно дарственной грамоте католикоса-патриарха Мельхиседека (1010–1033 гг.), мцхетскому кафедральному собору Светицховели были пожертвованы «в Кахети в Ахтани один убани (район); и Носорна, селение одно (как полагают исследователи, в современном Телавском муниципалитете); и в Эрети монастырь могущественный Лагодехи; и в Эрети же церковь Катехи с поступлениями её (ныне в Белоканском районе Азербайджана); и в Каки (ныне Гах в Азербайджане) купцов 12; и Зиари, селение большое (Дзерна, ныне село Зарна в Гахском районе Азербайджана)». Согласно дефектному «Документу поступления Эрцо-Тианетской паствы» (XV в. по классификации и датировке Исидора Самсоновича Долидзе), к концу XII в. католикос-патриарх Грузии владел сорока сёлами в Эрцо-Тианети, среди них – Жинвали, Питловани, Бодави, Цобени и др.