В 1594 г. Оулавюр Тоумассон, приёмный сын епископа, составил «Песнь о епископе Йоуне Арасоне и его сыновьях», в которой упрекал церковных реформаторов, опиравшихся на иноземную власть. Около 1600 г. некий протестантский клирик составил биографию Йоуна Арасона на латинском языке. Автор оправдывал действия епископа тем, что он родился в «несчастливое время», когда в Исландии царило невежество, и суеверие подменяло благочестие, а стихи, которые сочинял епископ, были исполнены «папистского вздора». Епископ Бриньоульвюр Свейнссон имел обыкновение произносить тост за упокоение Йоуна Арасона и его сыновей, претерпевших мученичество. В стихотворении пастора Йоуна Арасона (ум. в 1673 г.) Хоуларский епископ назван блаженным и достойным служителем Бога. В исландской историографии господствовало представление об Йоуне Арасоне как о патриоте, отстаивавшем права исландцев от посягательств иноземной власти. Значительный вклад в формирование образа Йоуна Арасона внесли Йоун Сигюрдссон, назвавший епископа и его сыновей «последними исландцами», и Паудль Эггерт Оуласон, автор наиболее полной научной биографии Йоуна Арасона, который считал его символом сопротивления гнёту иностранцев. По мнению исследователя, Йоун Арасон боролся за свободу Исландии, тогда как протестантские иерархи, напротив, поддерживали власть датчан. Йоуну Арасону были посвящены драмы К.Н. Янсона и Маттиаса Йохумссона, исторические романы Гюннара Гюннарссона и Торфхильдюр Хоульм. В 1912 г. в Скаульхольте был установлен памятник Йоуну Арасону. В 1918 г. при археологических раскопках в Хоуларе обнаружили сильно повреждённое захоронение с останками трёх человек, которое Гвюдбрандюр Йоунссон идентифицировал как могилу Йоуна Арасона и его сыновей. Останки епископа были захоронены под колокольней, сооружённой к 400-летию гибели Йоуна Арасона (1950 г.). В 1959 г. памятник Йоуну Арасону был установлен на месте монастыря Мункатверау. Исследователи подчёркивали также деятельность Йоуна Арасона как «могущественного вождя... жаждавшего власти, богатства и славы». Епископ был магнатом, заинтересованным в укреплении политического влияния, защитником интересов крупных землевладельцев. Этот образ получил отражение в романе Оулавюра Гюннарссона «Топор и земля». При этом современные исландские историки, начиная с Паудля Оуласона, склонны приуменьшать религиозные мотивы выступления Йоуна Арасона, которые нередко сводятся к консерватизму и слепой приверженности старине. Католические авторы указывали на то, что подобные взгляды определяются конфессиональной протестантской позицией многих исследователей. Несмотря на то что Йоун Арасон выступал против датского господства и участвовал в междоусобной борьбе исландских магнатов, его основной целью было защитить католическую церковь от посягательств реформаторов.