По мнению исследователей, в связи с этими событиями епископ Эгмюндюр и Йоун Арасон заключили соглашение о взаимопомощи (25 августа 1539 г.). Несмотря на твёрдую католическую позицию епископа Эгмюндюра, в Скаульхольте сложился кружок тайных приверженцев протестантизма. Один из них, пресвитер Гиссюр Эйнарссон, пользовался особым расположением епископа. Потеряв зрение, Эгмюндюр принял решение оставить кафедру и назначил преемником Гиссюра Эйнарссона, который отправился в Данию за королевским утверждением. В письме, отправленном королю Кристиану III из Гамбурга 29 сентября 1539 г., Гиссюр Эйнарссон открыл свои религиозные убеждения и заявил о намерении следовать протестантскому церковному ордонансу. После проверки вероисповедания Гиссюра Эйнарссона в Копенгагенском университете король утвердил избрание и велел ему исполнять обязанности протестантского суперинтенданта (епископа) в Скаульхольте (15 марта 1540  г.). На альтинге летом 1540 г. Гиссюр Эйнарссон был признан «суперинтендантом Скаульхольтского епископства». Тогда же представители Северной Исландии во главе с Йоуном Арасоном и с его сыном, лагманом Ари Йоунссоном, направили королю протест против действий датских представителей в Исландии, а также указали на невозможность принятия ордонанса, т.к. он противоречил католическому вероучению. Скаульхольтский епископ Эгмюндюр выразил согласие с позицией Йоуна Арасона, но вскоре Гиссюр Эйнарссон отстранил его от управления диоцезом и заставил покинуть резиденцию. Осознав, что Гиссюр Эйнарссон намерен провести церковную реформу, епископ попытался известить об этом Йоуна Арасона, предложив созвать церковный суд, однако письмо было перехвачено Гиссюром Эйнарссоном. В мае 1541 г. в Исландию прибыл датский наместник Кристофер Витфельд с военным отрядом, его задачей было получить согласие исландцев на уплату нового налога, а также расследовать убийство Дитриха фон Миндена и других датчан. Гиссюр Эйнарссон воспользовался этим для устранения епископа Эгмюндюра, который при известии о появлении датского отряда попытался укрыться в отдалённом монастыре. По указанию Гиссюра Эйнарссона датчане задержали епископа, разграбили его имущество и увезли из Исландии (по разным сообщениям, Эгмюндюр скончался в пути или вскоре после прибытия в Данию). В письме Витфельду Гиссюр Эйнарссон утверждал, что, если епископ останется в стране, он может поднять восстание. В июне 1541 г. Витфельд передал Йоуну Арасону письмо короля Кристиана III. Епископ созвал синод, на котором представители духовенства признали власть короля и согласились уплачивать налог при условии соблюдения королём законных прав и привилегий церкви и народа Исландии. Вскоре епископ в сопровождении должностных лиц Северной Исландии отправился на альтинг, но по пути узнал об аресте Эгмюндюра и вернулся в Хоулар. В письмах альтингу и Витфельду Йоун Арасон и Ари Йоунссон заявили, что арест епископа Эгмюндюра был проведён в нарушение норвежских и исландских законов (они ссылались на «Старый договор», заключённый в 1262–1264 гг. жителями Исландии и норвежской короной, и на исландский свод законов 1281 г.).