В источниках нет единого мнения о том, кто выступил инициатором казни Йоуна Арасона. По некоторым данным, казнить пленников предложил пресвитер Йоун Бьяднасон, который заявил: «Топор и земля устерегут их лучше». Наместник Кристиан подготовил перечень обвинений против Йоуна Арасона и его сыновей: они отвергали власть короля, не подчинялись королевским указам, не платили королю налоги и были объявлены вне закона; они притесняли исландцев и незаконно удерживали протестантского епископа Мартейдна Эйнарссона, угрожали изгнать из Исландии всех датчан; находясь под арестом, вели себя дерзко и обещали отомстить; оказывали сопротивление церковной Реформации. В речи, которую 6 ноября наместник Кристиан произнёс перед собравшимися, обвинения изложены более подробно. Казнь назначили на следующий день, епископ всю ночь молился в храме. Пастор Тоурдюр Йоунссон (ум. в 1670 г.) в сочинении «История жизни и родословие епископа Йоуна Арасона и его сыновей» сообщал, что лагман Ари Йоунссон отверг предложение сохранить ему жизнь в обмен на клятву не мстить и был казнён первым. Пресвитер Бьёдн Йоунссон просил помиловать его ради детей, но его просьбу отвергли. Последним из храма вывели Йоуна Арасона, который отстранил пресвитера Свейдна, пытавшегося помешать ему, и опустился на колени перед статуей Девы Марии. Свейдн сказал: «Есть жизнь и после этой, господин», на что епископ ответил: «Я знаю это, Свейдн, малыш» (впоследствии эта фраза стала крылатой, обозначая констатацию очевидного факта). Перед казнью Йоун Арасон пожелал «доброй ночи этому миру» и сказал, что готов вступить в мир иной «с прочими святыми». В январе 1551 г. прибывшие из Северной Исландии сторонники казнённого епископа убили наместника Кристиана и всех датчан, которых удалось найти. Весной пресвитер Сигюрдюр Йоунссон направил в Скаульхольт трёх священников с вооружённым отрядом, которые потребовали выдать тела казнённых. Останки Йоуна Арасона и его сыновей перенесли в Хоулар и похоронили в соборе. В Дании не было известно о гибели Йоуна Арасона, поэтому король Кристиан III направил в Исландию крупный военный отряд на двух кораблях. В мае 1551 г. датчане высадились в Оддейри (близ современного Акюрейри), где был созван тинг, на котором представители Северной Исландии принесли клятву верности королю. Йоун Арасон и его сыновья были объявлены государственными изменниками, их имущество подлежало конфискации. На альтинге 30 июня и 1 июля клятва верности датскому королю была подтверждена представителями всех частей Исландии. Датчане конфисковали ценности, хранившиеся в Хоуларе, здания и имущество монастырей были объявлены собственностью датской короны. Духовенство избрало на Хоуларскую кафедру пресвитера Сигюрдюра Йоунссона, но король отказался утвердить избрание и назначил протестантским суперинтендантом Оулавюра Хьяльтасона (в октябре 1551 г. ординирован Петром Палладием). После кончины Оулавюра (1569 г.) пресвитер Сигюрдюр снова был избран и вновь не получил королевского утверждения. Усилиями протестантских епископов Оулавюра Хьяльтасона и Гвюдбрандюра Торлаукссона (1571–1627 гг.) в епископстве Хоулар была проведена Реформация.