Исследователи полагают, что епископу было известно об успехах католической партии на германских землях после победы над протестантскими князьями при Мюльберге (1547 г.). Летом 1548 г. Йоун Арасон во главе отряда из 100 человек осадил Скаульхольт, но через несколько дней был вынужден отступить. Против него выступил магнат Дади Гвюдмюндссон. Осенью 1548 г. созванный Йоуном Арасоном церковный суд признал Дади Гвюдмюндссона виновным в захвате власти в епископстве Скаульхольт, вооружённом сопротивлении епископу, уничтожении письма, отправленного в Рим, и др. Но на судебном заседании, созванном по инициативе Дади Гвюдмюндссона, обвинения были признаны ложными. В ответ Йоун Арасон отлучил Дади Гвюдмюндссона от церкви (2 января 1549 г.). Конфликт Йоуна Арасона и Дади Гвюдмюндссона обострился после получения письма короля Кристиана III от 11 февраля 1549 г., в котором утверждалось, что Йоун Арасон нарушал церковное и светское право, не повиновался королевским указам и притеснял подданных короля. Епископ был объявлен вне закона, исландцам запрещалось повиноваться ему. В письме, адресованном Дади Гвюдмюндссону, король приказал схватить Йоуна Арасона и его сыновей и отправить в Данию, угрожая в противном случае послать в Исландию войско (2 апреля 1549 г.). Исследователи полагают, что эти письма доставил Мартейдн Эйнарссон, который вернулся в Исландию к лету 1549 г. На созванном им синоде распоряжения Хоуларского епископа были объявлены не имеющими силы. В это время Йоун Арасон получил ответ от папы Римского Павла III (от 8 марта 1549 г.). Понтифик посылал епископу благословение, хвалил его верность папскому престолу и призывал защищать католическую церковь в Исландии, собранный им денарий святого Петра предписывалось распределить среди бедных. Письмо папы было торжественно зачитано в кафедральном соборе в присутствии всего духовенства. Епископ велел перевести его на исландский язык и распространить среди паствы. Осенью 1549 г. Йоун Арасон отправил в Южную Исландию отряд из 200 человек во главе со своими сыновьями, лагманом Ари и пресвитером Бьёдном. Им удалось схватить Мартейдна Эйнарссона и пресвитера Аудни Адноурссона, официала Скаульхольтской кафедры, но попытка задержать Дади Гвюдмюндссона оказалась неудачной. На судебном заседании в монастыре Тингейрар действия Йоуна Арасона были признаны законными, поскольку Мартейдн Эйнарссон был еретиком и не мог управлять епископством (20 сентября 1549 г.). На правах визитатора диоцеза Скаульхольт и «судьи по всем делам, подлежащим ведению папы» Йоун Арасон отлучил от церкви пресвитера Гисли Йоунссона, которого обвиняли в непочитании Девы Марии, отрицании церковной иерархии и канонического права и т.д. Пресвитер Гисли Йоунссон был вынужден бежать в Данию (впоследствии он стал протестантским суперинтендантом Скаульхольта). Дади Гвюдмюндссон и представители датского короля во главе с Лаурицом Муле, укрепившимся в монастыре Видей, не могли ничего предпринять против Йоуна Арасона. Исследователи полагают, что Дади Гвюдмюндссон намеревался помириться с епископом. Другие противники Йоуна Арасона, Пьетюр, брат Мартейдна Эйнарссона, и пресвитер Оулавюр Хьяльтасон, бежали ко двору датского короля.