Тем не менее, они подтвердили, что признают власть короля, и выразили готовность принять церковный ордонанс при условии одобрения его кафедральным капитулом Нидароса. Отсутствие на альтинге Йоуна Арасона позволило Гиссюру Эйнарссону, опиравшемуся на поддержку датчан, провести церковную реформу – 28 июня 1541 г. духовенство диоцеза Скаульхольт обязалось соблюдать протестантский ордонанс. Однако это обязательство и соответствующее решение альтинга не имели силы для епископства Хоулар, которое формально продолжало подчиняться ликвидированному к тому времени норвежскому Государственному совету и митрополиту упразднённого католического Нидаросского архиепископства. В епископстве Скаульхольт начали проводиться в жизнь постановления ордонанса, переведённого Гиссюром Эйнарссоном на исландский язык. В 1542 г. король Кристиан III потребовал, чтобы оба исландских епископа явились в Данию. Гиссюр Эйнарссон отправился лично, а Йоун Арасон, сославшись на болезни, послал трёх представителей, в том числе сына Сигюрдюра. Исследователи полагают, что король и представители Йоуна Арасона заключили соглашение, по которому епископ должен был платить дополнительные налоги, а король не вмешивался в ситуацию, сложившуюся в Хоуларе. Кристиан III полагал, что после кончины Йоуна Арасона сможет назначить на Хоуларскую кафедру своего ставленника, который проведёт церковную реформу. Эту гипотезу подтверждает тот факт, что Йоун Арасон фактически признал Гиссюра Эйнарссона управляющим Скаульхольтской кафедрой и не вступал с ним в конфликт. Из переписки Йоуна Арасона и Гиссюра Эйнарссона исследователям известно о заключённом ими соглашении. Положение в Исландии изменилось после внезапной болезни и кончины Гиссюра Эйнарссона в возрасте 36 лет (весна 1548 г.; считалось, что это была кара за проявленное им неуважение к чудотворному распятию). В апреле 1548 г. Йоун Арасон направил в Скаульхольт послов с предложением передать ему право на отправление церковных таинств в диоцезе, уверяя, что не будет вмешиваться в мирские дела. В июне по указанию Йоуна Арасона 24 клирика в Скаульхольте избрали на епископскую кафедру Сигвардюра Халльдоурссона, аббата монастыря Тиквибайр. Временным администратором епископства был назначен Йоун Арасон. Однако его противники избрали на кафедру пресвитера Мартейдна Эйнарссона, сторонника Реформации. Оба избранника отправились в Данию, чтобы получить рукоположение. Аббат Сигвардюр был задержан, Мартейдн Эйнарссон после изучения основ протестантизма был ординирован Петром Палладием (Педером Палладиусом), протестантским суперинтендантом Зеландии (апрель 1549 г.). В письме Йоуну Арасону (август 1548 г.) король потребовал, чтобы епископ прибыл в Данию и объяснил, почему он совершает католические обряды и нарушает порядок. Хоуларский епископ обосновывал законность своих действий отсутствием легитимной светской (норвежский Государственный совет) и церковной (архиепископство Нидарос) власти. В августе 1547 г. он писал Римскому папе Павлу III, но точное содержание послания исследователям неизвестно. Впоследствии Йоуна Арасона обвиняли в попытке установить связь с императором Карлом V.