По мнению исследователей, при их участии король Кристиан III составил письмо, адресованное духовенству епископства Хоулар, в котором утверждал, что Йоун Арасон был якобы объявлен альтингом вне закона, и предлагал избрать нового епископа. В письме Дади Гвюдмюндссону предписывалось оказать помощь датчанам в задержании мятежного епископа (27 января 1550 г.). Кроме того, Пётр Палладий в особом послании увещевал Йоуна Арасона уповать на Христа, а не на папу Римского, принять церковный ордонанс и прислать в Данию клирика, который мог бы затем оказать помощь в реформе церкви (16 марта 1550 г.). Летом 1550 г. Йоун Арасон и его сыновья, Ари и Бьёдн, прибыли на альтинг в сопровождении вооружённой свиты из 300 человек. Невзирая на присутствие датского наместника Лаурица Муле, собравшееся духовенство подтвердило полномочия епископа как управляющего обоими исландскими диоцезами в соответствии с папским посланием. О действиях епископа говорится в письме Тоурдюра, сына Мартейдна Эйнарссона, Петру Палладию. Йоун Арасон объявил, что является единственным христианским епископом в Скандинавских странах. Он восстановил «обряды папистов» и осудил духовенство, принявшее протестантский ордонанс. После альтинга Йоун Арасон вместе с Мартейдном Эйнарссоном отправился в Скаульхольт и занял его, не встретив сопротивления. По свидетельству Тоурда, епископ освятил кафедральный собор и велел выбросить из храма останки Гиссюра Эйнарссона. Йоун Арасон рукоположил четырёх пресвитеров и заставил присутствовавших клириков дать клятву верности папе Римскому и себе, как папскому представителю в Исландии. Оставив Мартейдна Эйнарссона в епископской резиденции, Йоун Арасон проследовал на остров Видей, изгнал датчан и восстановил обитель; затем восстановил разорённый монастырь в Хельгафедле. В августе 1550 г. Ари и Бьёдн отправили письмо датскому канцлеру Йохану Фрису, в котором утверждали, что целью Йоуна Арасона было установление порядка в Исландии, тогда как Мартейдн Эйнарссон и Лауриц Муле действовали беззаконно. В сентябре 1550 г. в сопровождении Ари и Бьёдна и небольшой свиты Йоун Арасон отправился в усадьбу Сёйдафедль в Западной Исландии, где 2 октября под руководством лагмана Ормюра Стюрлюсона должно было состояться заседание суда по имущественной тяжбе с Дади Гвюдмюндссоном, который прибыл с крупным отрядом. Дади Гвюдмюндссон захватил в плен епископа и его сыновей, которые попытались укрыться в храме. Пленников доставили в принадлежавшую Дади Гвюдмюндссону усадьбу Сноуксдалюр. Вскоре туда прибыли Мартейдн Эйнарссон и секретарь датского наместника Кристиан. На судебном заседании 23 октября было решено, что пленение Йоуна Арасона не было нарушением «мира тинга» и неприкосновенности христианского святилища, т.к. Дади Гвюдмюндссон исполнил королевский указ. До альтинга следующего года пленники должны были содержаться под стражей. Йоуна Арасона и сыновей доставили в Скаульхольт, но из-за опасения, что сторонники епископа из Северной Исландии нападут и освободят пленников, было принято решение немедленно их казнить.