Созванный архиепископом церковный суд рассмотрел дело Йоуна Арасона и полностью оправдал его. Епископское рукоположение состоялось 7 сентября 1524 г. в кафедральном соборе Нидароса. В некоторых источниках сообщается, что после окончания богослужения с головы епископа упала митра, что было воспринято присутствовавшими как недоброе предзнаменование. Из Норвегии Йоун Арасон направился в Гамбург, откуда весной 1525 г. прибыл в Исландию. Конфликт Йоуна Арасона и епископа Эгмюндюра продолжался и едва не привёл к вооружённому столкновению на альтинге 1527 г. Йоун Арасон прибыл со свитой из 900 человек, Эгмюндюра сопровождали 1400 человек. Сражение удалось предотвратить благодаря вмешательству крупнейших магнатов. Епископы заключили соглашение, в котором среди прочего обязывались не вводить «никаких новшеств, тайно или явно». Исследователи полагают, что это самое – раннее упоминание о Реформации в исландских источниках. Йоун Арасон приобрёл авторитет благодаря успехам в управлении епископством, справедливости и щедрости к беднякам. Вместе с тем росло влияние членов его семейства. Один из сыновей Йоуна Арасона, Ари, в 1529 г. был избран лагманом (старейшиной главного судебного органа – лагретты), был известен честностью и неподкупностью. Другой сын, Сигюрдюр, был рукоположён во пресвитера и назначен управляющим делами епископской резиденции в Хоуларе, затем официалом кафедры. Священниками стали также два других сына Йоуна Арасона, Магнус (ум. в 1534 г.) и Бьёдн. Его дочери, Тоурюнн и Хельга, вышли замуж за местных магнатов. Протестантское учение проникло в Исландию позже, чем в другие Скандинавские страны. В письме Скаульхольтского епископу Эгмюндюра от 1534 г. говорится об иностранцах, которые принесли на остров «новую веру и новый закон». Многие немецкие купцы (в основном, из Гамбурга), торговавшие в Исландии, были протестантами, но среди исландцев идеи Реформации почти не получили распространения. Указывая на это обстоятельство, исследователи часто определяют Реформацию в Исландии как «революцию сверху». Король Кристиан III (1534–1559 гг.), твёрдый сторонник Реформации, вскоре после восшествия на престол арестовал католических епископов Дании (1536 г.) и ввёл в стране протестантский церковный ордонанс (1537 г.). В Норвегии архиепископ Олав Энгельбректссон возглавил восстание (1536–1537 гг.), но потерпел поражение и бежал из страны. В 1538 г. церковный ордонанс был получен в Исландии, в ответном письме королю епископ Эгмюндюр и представители клира и мирян епископства Скаульхольт отказались принять вероучительные и обрядовые изменения, сославшись на исландские законы и на свою бедность и невежество. Епископ запретил признавать ордонанс до получения указаний от папы Римского и от императора Карла V. В 1539 г. датский отряд под руководством Дитриха фон Миндена разорил монастырь Видей и изгнал монахов. На альтинге датчан объявили вне закона, епископ Эгмюндюр отлучил их от церкви, но они, намереваясь разорить другие монастыри, прибыли в Скаульхольт, вели себя дерзко и оскорбляли епископа. На следующий день (10 августа) их убили местные жители, а гарнизон, оставленный Дитрихом фон Минденом в монастыре Видей, был уничтожен.